目的：通过对维吾尔族和汉族不同龋敏感儿童龈上菌斑和唾液中变异链球菌和远缘链球菌的检出率和数量，分析比较两种致龋菌与不同民族、不同龋敏感儿童、不同部位的乳牙龋齿活跃性的关系，为新疆维吾尔族儿童乳牙龋的诊治提供实验依据。方法：通过流行病学调查收集169名3~5岁维吾尔族和汉族不同龋敏感儿童龈上菌斑和唾液样本，其中维吾尔族儿童高龋组（龋失补牙数≥5）和无龋组（龋失补牙数=0）各35名，汉族儿童高龋组51名，无龋组48名，提取DNA，用聚合酶链反应法对龈上菌斑和唾液样本中变链菌和远缘链球菌进行定性检测；采用T-A克隆技术，构建变异链球菌ATCC25175、远缘链球菌ATCC6715、内参基因16SrRNA的重组质粒，建立定量标准；在定性PCR基础上，应用SYBR Green I荧光定量聚合酶链反应对维吾尔族和汉族不同龋敏感儿童龈上菌斑和唾液中变异链球菌和远缘链球菌进行绝对定量检测。结果：维吾尔族儿童龈上菌斑和唾液中高龋组远缘链球菌的检出率和数量高于汉族儿童高龋组，差异有统计学意义（P<0.05），而维吾尔族和汉族儿童高龋组变异链球菌检出率和数量，差异无统计学意义；维吾尔族和汉族儿童唾液中变异链球菌和远缘链球菌的检出率和数量高龋组均高于无龋组，差异均有统计学意义（P<0.05），维吾尔族和汉族儿童龈上菌斑中远缘链球菌的检出率和数量高龋组均高于无龋组，差异均有统计学意义（P<0.05），变异链球菌高龋组和无龋组检出率差异无统计学意义，而具体检出数量高龋组高于无龋组，差异有统计学意义；龈上菌斑和唾液中远缘链球菌的检出率有关联性和一致性（P<0.05）。结论：联合采集龈上菌斑和唾液样本更有利于检出口腔多种致龋菌；不同民族儿童致龋菌种类可能有差异，远缘链球菌可能是维吾尔族儿童乳牙龋高发的危险因素。