马铃薯(Solanum tuberosum L.)原产于秘鲁和玻利维亚的安第斯山区,是全球第四大栽培作物。随着农业产业结构的调整和加工业的发展,马铃薯的需求日益增大,其增产潜力、营养和加工利用价值日益受到人们的重视。因此,加快马铃薯育种进程日益重要,而遗传变异水平是育种成效的重要决定因素。由于形态学、细胞学、生化等标记技术在马铃薯基因组中的多态性较低,限制了其应用。而分子标记直接检测DNA本身,不受环境和其他因素的影响,多态性几乎遍及整个基因组,是目前最常用、最快速、最准确的遗传变异性评价手段。　　 本研究采用RAPD和SSR两种具有代表性的分子标记对马铃薯主要种质资源、四川省部分良繁品种的遗传多样性及杂种后代群体(S6)和辐射诱变群体(S6-3R)进行了遗传评价。主要结果如下:　　 (1)RAPD分析表明,供试主要种质资源平均PIC为0.699,遗传距离介于0.141-0.471之间,平均遗传距离为0.316;SSR分析显示,其平均PIC为0.853,遗传距离介于0.076-0.466之间,平均遗传距离为0.318。从分子水平上揭示了供试种质资源材料间的亲缘关系,可为杂交育种亲本选配提供参考;但供试材料间总体上亲缘关系比较近,迫切需要加强各类种质资源搜集、引进、发掘与创新。　　 (2)RAPD分析显示,四川省部分良繁品种平均PIC为0.872,遗传距离介于0.111-0.470之间,平均为0.336;SSR分析显示,其平均PIC为0.889,遗传距离介于0.162-0.464之间,平均为0.327;平均PIC与平均遗传距离均高于种质资源材料,但总体上也存在着较近的亲缘关系。同时可能存在着品种混杂的现象,即是“同名不同种”或“同种不同名”的现象。所以,应当加强马铃薯品种真实性、可靠性的鉴定,进一步完善马铃薯良繁体系建设。　　 (3)RAPD分析揭示杂种后代(F1)群体S6平均PIC为0.763,遗传距离介于0.029和0.369之间,平均是0.1801 SSR分析表明,该群体平均PIC为0.817,遗传距离介于0.035和0.477之间,平均为0.280;RAPD与SSR分析遗传距离变异系数分别为0.2876和0.2379。因此杂交F1群体变异水平不高,有必要用杂种F1进行自交、充分重组,以F2作为杂交育种选择群体,以提高变异水平和杂交育种成效。　　 (4)RAPD分析揭示辐射诱变材料S6-3R群体平均PIC为0.854,遗传距离介于0.024-0.415之间,平均是0.194:SSR分析显示,平均PIC为0.841,遗传距离介于0.041-0.474之间,平均为0.222;RAPD与SSR分析其遗传距离变异系数分别为0.3557和0.2743。可以认为辐射群体内存在丰富的多态性信息量以及材料间遗传差异,应该有效加以利用,甚至应该尝试更多、更新的诱变方式来加快育种进程。　　 (5)从多态性比率、多态性信息量(PIC)、遗传距离等来看,SSR能更有效地评价群体的遗传多样性及变异水平。但从两个群体遗传距离变异系数来看,RAPD揭示的遗传距离变异系数高于SSR:S6-3R群体的遗传距离变异系数高于S6群体。从遗传距离差异显著性检验来看,两种标记对同一群体遗传距离间差异都达到了极显著水平,这表明RAPD和SSR两种标记的主要适用领域应该不同的,综合分析认为,SSR较适用于遗传作图、品种鉴别、种间遗传关系与系统进化研究;而RAPD在种内遗传变异与多样性检测、育种研究中可能更优于SSR。