南水北调工程是旨在缓解我国北方地区水资源短缺现状、促进水资源优化配置而实施的一项重大战略性工程。丹江口水库被确定为南水北调中线工程的调水源头后，一方面，为了确保南水北调中线工程调水的水质安全，国家对库区生态环境的保护、治理和建设提出了更高标准的要求，增加了当地经济发展的成本，给库区经济发展带来了一定程度的束缚，短期内影响了库区经济发展的速度。另一方面，由于丹江口水库及其上游地区分布着许多国家级和省级贫困县，人民生活水平低下，地方经济亟待振兴和快速发展。面临新形势、新机遇、新挑战，需要从水源安全保障的要求出发，遵循科学发展观，转变发展方式，创新发展模式，提高发展质量，增加发展效益。而生态经济正是当下最为科学合理的经济发展理论，它主张运用生态学原理和系统工程方法改变和优化经济发展方式，最大程度地保护自然环境，大力发展清洁、循环、高效的生态产业，构建合理的经济发展模式，倡导和谐的生态文化及建设适宜的生态环境，最终促进经济社会的和谐可持续发展。本文在认真总结前人研究的基础上进一步探讨了生态经济的内涵、特点及其运行原则，并结合循环经济理论、清洁生产理论及可持续发展理论等，在分析南水北调中线工程水源地丹江口库区概况的基础上，阐述了丹江口库区发展生态经济的必要性及其当前所面临的诸多问题，探索性地从宏观、中观、微观三个层面构建了丹江口库区生态经济的发展模式，并紧密结合库区实际情况提出了相应的经济发展措施和政策保障和建议。最后，在此基础上以郧县为例对库区生态经济发展作了实例探析。这对确保调水水质达标，保障南水北调中线工程顺利实施，同时促进库区经济社会持续发展，提高人民生活水平，全面建设小康社会，从而最终实现丹江口库区经济发展与生态保护的双赢都具有重要意义。