随着我国农业的发展,食品安全问题以及农业环境问题却越来越突出。近几年以“瘦肉精”为代表的猪肉质量安全事件频发,2013年“黄浦江死猪事件”所暴露的病死猪处理问题也给人们敲响了警钟。此外,随着我国规模化生猪养殖的迅猛发展,畜禽粪便已成为不能忽视的重要污染源。从生产者的角度来看,这主要是由于小农户生产方式粗放,缺乏有效的组织、监督、约束,因此散户的生产方式不利于饲养过程中的质量安全与环境污染控制。我国畜牧业要想实现可持续发展,达到食品安全和环境保护的双赢,一是要转变过去粗放型的生产方式,全面推广清洁生产,实现可持续发展；二是要把我国的散户组织起来,建立有效的协作方式来解决养殖过程中的质量安全和环境污染问题。供应链垂直协作应是实现农业清洁生产的关键所在。通过垂直协作把分散的小农户组织起来,在供应链环境下的产前、产中、产后环节加以指导、服务、监督、激励乃至惩罚,可以优化农户行为,达到环境保护和食品安全的双赢。本文通过前人的研究分析,认识到垂直协作与农户清洁生产之间有一定的关系,并且更进一步认识到,垂直协作形式和农户清洁生产行为存在联系,对清洁生产行为之间的交互关系以及关键点都有一定的影响。因此,本文通过2013年对山东、江苏、福建、江西、四川五个省648个生猪养殖户的调查,对农户的清洁生产行为以及垂直协作状况进行描述性分析,考察垂直协作对各清洁生产行为的影响,并试图找出其它影响清洁生产的因素。另外,运用结构方程模型(SEM)比较不同的垂直协作形式下农户的清洁生产行为,并探寻农户各清洁生产行为之间的影响路径和关键点的差异。结果表明：垂直协作的紧密程度对农户清洁生产行为有显著的正向影响。此外,农户年龄、养殖年限、养殖规模、农户关于生猪养殖对环境、健康影响的认知也会影响农户的清洁生产行为。在不同的垂直协作下,农户的过程控制和末端治理行为之间均交互影响。在市场交易下,农户清洁生产关键点有3个：疾病防疫、粪便及病死猪处理、饲料及添加剂的购买和使用。在参与生产合同、合作社下,农户清洁生产有2个关键点：疾病防疫、粪便及病死猪处理。最后基于分析提出相关的对策建议。