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藏羚羊(Pantholops hodgsonii)是青藏高原的特有物种.近几十年来,藏羚羊面临栖息地毁坏、惨遭猎杀等严重威胁,致使其种群片段化严重、个体数量急剧下降,从而其生存状况引起极大关注.该研究以采集于新疆阿尔金山自然保护区、西藏羌塘自然保护区和青海可可西里自然保护区的57个藏羚羊个体为研究对象,应用MEGA、DnaSP和ARLEQUIN等分析软件对其线粒体DNA控制环区序列进行分析,以研究当前藏羚羊种群的遗传多样性背景,地理种群关系及其进化历史中种群变化情况,并为藏羚羊的保护工作提供科学依据.主要研究结果如下:1)所研究藏羚羊种群的平均核苷酸多样性(π)为2.18%,其中新疆种群的核苷酸变异度(π)为1.87%,西藏种群的核苷酸变异度(π)为2.05%,青海种群的核苷酸变异度(π)为2.47%;表明当前藏羚羊种群的遗传多样性水平较高,为防止遗传多样性丧失,应遏制栖息地片段化趋势及严厉打击猖獗的偷猎活动;2)各地理种群间基因流丰富,无显著遗传分化,其中新疆与西藏地区间基因流最频繁(Nm=49),而新疆与青海种群遗传关系最远,表明产仔地在促进基因地理种群间基因流的重要性;应加强种群动态野外调查、产仔地保护,并采取有效措施促进新疆和青海种群的基因交流,保护物种进化潜力;3)中性测验表明Fu′s Fs=-28.15(p<0.01),错配分布检测曲线图显示种群变化趋向于种群增长模型,揭示藏羚羊进化历史过程中发生过种群膨胀,这将对青藏高原其它物种的研究具有重要指导意义.