江豚(Neophocaena phocaenoides)和印度太平洋驼背豚又称中华白海豚(Sousa chinensis)是广泛分布在印度太平洋热带、亚热带及温带水域的两种小型鲸类。中国水域的江豚分为3个种群(或生态/形态型)：黄海种群，南海种群和淡水长江种群(长江江豚被IUCN红色名录列为濒危级)，但是这一划分受到近年来的研究的质疑。中华白海豚分布在印度洋及西太平洋的热带、亚热带的沿岸海域，其中东台湾海峡亚种群被IUCN红色名录列为极度濒危级，其它种群被IUCN红色名录列为易受威胁级，同时该物种也被濒危野生动物国际贸易公约列为保护对象。1988年，我国颁布《国家重点保护野生动物名录》把中华白海豚列为国家一级保护动物。　　 小种群比大种群更易受到遗传漂变导致的遗传多样性的丢失，也更可能表现出相对较低的适合度而面临濒临灭绝的危险。因此，急需对上述两种鲸类开展更全面、系统的种群遗传分析，评估现有种群的遗传多样性水平，评估遗传多样性受到自然选择、遗传漂变、基因流及它们相互作用的影响程度。这将有助于制定避免这两种鲸类种群继续下降的保护管理措施，对物种的长期保护很关键。　　 本文第2章介绍了从江豚中分离出的8个二碱基重复类型和9个四碱基重复类型的多态的微卫星座位。二碱基重复微卫星座位在30个江豚个体中检测到的等位基因数在4～21之间，观察杂合度在0.300～0.833之间，期望杂合度在0.437～0.932之间。四碱基重复微卫星座位的多态性在中国黄海和南海种群共39个江豚个体进行了检验。每个座位的等位基因数在2～11之间。观察杂合度和期望杂合度范围分别为0.154～0.795和0.146～0.839。这些微卫星座位在其它鲸类中进行了跨种扩增检验。这些座位适合于江豚及其它鲸类的种群遗传学研究。　　 第3章通过利用10个微卫星座位分析125个江豚个体探讨了中国水域江豚的种群遗传结构。与早期研究较低的mtDNA控制区遗传多样性分析结果相反，同其它鲸类相比，中国水域江豚具有相对较高的微卫星遗传变异水平(HE=0.732～0.795)。贝叶斯聚类分析表明中国水域江豚分为3个明显的遗传簇，与早期基于形态变异和分布类型定义的3个种群或亚种是一致的。种群间遗传分化显著，FST值在0.07～0.137之间。贝叶斯方法计算的迁移率和种群祖先分析结果表明3个种群之间甚至在种群分布重叠区没有或仅有非常有限的基因流。这些结果强烈支持将这3个种群作为3个独立的进化显著单元或亚种，因此在制定保护措施时应将它们作为不同的管理单元。　　 第4章通过114个扩增片段长度多态(AFLP)标记分析栖息在完全不同的自然环境中的3个江豚种群，寻找与选择作用相关的遗传特征。通过3个种群间的比较，结果显示，有4个AFLP位点其FST值大于0.975的范围，表明它们可能受到分化选择作用的影响；有2个AFLP位点其FST值小于0.025的范围，有可能受到平衡选择作用的影响。这一结果提示通过基因组扫描将有助于识别与江豚淡水适应机制相关的特异基因组区域或基因。　　 第5章介绍了从中华白海豚中分离出的11个二碱基重复类型和5个四碱基重复类型的多态的微卫星座位。筛选到的这些微卫星座位能够用于种群遗传学研究，如评估种群结构及遗传多样性等，这些对物种的保护是很重要的。检测到的等位基因数在2～9之间，观察杂合度在0.167～0.917之间，期望杂合度在0.159～0.913之间。对5个其它鲸类物种进行了跨种扩增检验，结果表明10～13个座位能有效扩增。　　 第6章探讨了白海豚属的系统发生关系和种群遗传学特征。分析了印度洋、太平洋和大西洋的124个白海豚个体的286bp的线粒体控制区序列。所有中国水域的白海豚个体聚为单独的一支，并获得较高的支持率，表明中国水域的白海豚均应属于同一个物种。中国的白海豚并没有和澳大利亚的白海豚聚为一支，而是和来自南非，印度的白海豚，以及S.teuszii聚为一支。这一结果表明将中国的白海豚和澳大利亚白海豚划为一个种的提法需要修正。通过分析中国水域厦门种群和珠江口种群的65个个体的334bp的线粒体控制区序列，发现了6个单元型。种群内极低的遗传多样性水平和种群间显著的较高的遗传分化表明制定保护措施时应将这两个种群作为两个不同的保护管理单元。