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山东省是我国夏大豆主产区，大豆栽培历史悠久，品种资源宝贵。本研究选取36个山东省不同年代栽培大豆品种，从表型和SSR分子水平综合分析了其遗传多样性，为开发和利用山东省大豆种质资源提供了理论基础，为山东省栽培大豆今后的育种工作和遗传改良也奠定了基础。
本研究获得的主要结果如下:
1.21对SSR引物扩增出138个等位变异，平均每个SSR位点为6.9个等位变异，其中Ⅰ连锁群上的Satt614引物的等位变异最多为10个;每个SSR位点的Simpson指数的分布范围为0.1562～0.9000，平均值为0.70;Shannon指数为0.4804～3.1412，平均值为2.13。
2.根据SSR标记数据计算品种间的遗传相似系数，其变化范围为0.66～0.97，平均值为0.78。结果说明山东大豆品种存在一定程度的遗传分化，但遗传差异较小。
3.利用SSR标记的数据结果，对供试品种进行聚类分析，供试品种分成两大类群和一个特殊品种-东解1号，简称为SGs(SSR-basedGroups);SGⅠ包括19个品种，SGⅡ包括16个品种。聚类结果与品种的系谱有一定的相关性，能够将亲缘关系不同、地理来源不同的品种区分开来。
4.对36份大豆品种16个表型性状进行基本统计分析，不同材料之间存在一定差异，表现出一定的形态多样性，但并不显著。基于16个表型性状的聚类分析，36份材料共划分为三大类群。其中，对第二类群的表型性状的平均值进行分析又分为四亚类群。
5.基于表型性状和分子标记在遗传多样性方面的比较研究，证实基于SSR数据反映出的遗传变异关系与基于表型性状反映出的遗传变异关系不尽一致。
6.从分子水平对地方品种及选育品种进行了分析，结果表明，地方品种的平均遗传多样性高于选育品种，表明地方地方品种遗传类型较为丰富，遗传多样性水平较高。