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腐乳,又名酱豆腐,在中国有很长的历史,是一种传统发酵特色食品,因其风味独特,营养丰富,深受老百姓的喜爱和青睐。经过长期的人工选择,腐乳中微生物形成了特定的群落结构,具有丰富的细菌多样性并蕴藏着丰富有益菌群,是研究和开发有益菌群的天然宝库。然而,由于采用的传统研究方法单一以及存在的缺陷,导致腐乳的主要微生物类群组成、优势和关键菌群,至今仍不甚明确,也不够准确和客观。本文以不同品牌的腐乳为研究对象,通过提取腐乳样本中的总DNA,以细菌的16S r DNA通用引物PCR扩增目的片段,构建16S r DNA V3可变区文库并对该文库进行高通量测序分析,从而对腐乳样本中的细菌多样性及群落结构进行研究,研究结果如下:(1)通过稀释曲线、Chao1曲线和Shannon-Wierner多样性曲线三种分析方法,结果都表明:样品测序量达到饱和,所得OTU能覆盖样品内所有细菌类群组成并反映细菌群落结构特点。(2)腐乳样本中细菌主要分属4大门:放线菌门Actinobacteria,拟杆菌门Bacteroidetes,厚壁菌门Firmicutes,变形菌门Proteobacteria,其中变形菌门和厚壁菌门在所检测腐乳样品中都是优势菌群,这四个细菌门在22个腐乳样品中都占到了测序序列总数的97%以上。(3)样品中细菌的OTUs种属水平上进一步进行分类显示,本实验采集的22个样本主要包括40个的属(图10),其中放线菌门Actinobacteria中仅有2个属,其中棒状杆菌属Corynebacterium是优势属;拟杆菌门Bacteroidetes中含有4个属,其中鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium和Wautersiella属是优势属;厚壁菌门Firmicutes中有19个属,其中盐厌氧菌属Halanaerobium、Rummeliibacillus属和四联球菌属Tetragenococcus是优势属;在变形菌门Proteobacteria中有15个属,其中不动杆菌属Acinetobacter和假单胞菌属Pseudomonas是优势属。(4)样品聚类和环境因子分析(p COA)分析表明样品间细菌群落组成和丰度差异较大,样品细菌群落结构可能与发酵过程中添加的发酵菌群密切相关,自然环境对样品细菌群落结构影响不大。