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沙门氏菌是一种重要的食源性病原菌,可通过消化道直接或间接传播,且容易和其它类疾病并发,给养殖业造成严重的经济损失。为了解新疆动物源沙门氏菌对临床常用抗菌药物耐药情况,掌握其耐药基因的携带情况,分析携带耐药基因的耐药菌株之间的亲缘关系。本研究采集猪源200份、羊源101份和牛源200份肛拭子样品,从中分离沙门氏菌,采用琼脂稀释法对其进行最小抑菌浓度的测定。结果显示:（1）分离的131株猪源沙门氏菌对环丙沙星和安普霉素的耐药率最高,均为77.9%（102/131）,耐药菌主要以8耐为主（29.0%,38/131）;（2）分离的52株羊源沙门氏菌对氟苯尼考（92.3%,48/52）和四环素（90.4%,47/52）的耐药率最高,耐药菌主要以7耐为主（26/52,50%）;（3）分离的30株牛源沙门氏菌仅对氟苯尼考的耐药率（43.3%,13/30）较高,主要以1耐及0耐为主。通过PCR方法进行blaTEM、blaCMY-2、blaCTX-M、blaLAP-1、blaKPC、blaOXA、blaSHV等β-内酰胺酶和armA、rmtB等16S rRNA甲基化酶及qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS、qepA、oqxA、oqxB和aac（6′）-Ib-cr等PMQR基因检测。结果显示:（1）从耐药猪源沙门氏菌株中检出11种耐药基因,有24种不同类型的基因组合,主要以blaTEM+blaOXA+qnrS+aac（6′）-Ib-cr+oqxA+oqxB（27.2%,31/116）、blaTEM+blaOXA+qnrS+oqxA+oqxB（23.2%,27/131）、blaTEM+qnrS（16.4%,19/116）形式组合;（2）从耐药羊源沙门氏菌中检出6种耐药基因,有8种不同类型的基因组合,主要以blaTEM+blaOXA+qnrS+aac（6’）-Ib+oqxA+oqxB组合（51.0%,24/47）、blaTEM+blaOXA+qnrS+aac（6’）-Ib-cr+oqxA+oqxB组合为主（13.5%,7/52）。（3）从敏感牛源沙门氏菌中检出4种耐药基因,有4种不同类型的基因组合,主要以blaTEM+oqxB为主（49.9%,3/6）。从猪源和羊源沙门氏菌中挑取携带多种耐药基因的7株多药耐药菌,进行MLST分型。分别对7株菌的thrA、purE、sucA、hisD、aroC、hemD和dnaN 7个管家基因通过PCR扩增,测序分析。结果发现:猪源和羊源沙门氏菌主要为ST34型,并且发现新的ST型,通过进化树分析之间的亲缘关系,推测本研究中猪源和羊源沙门氏菌存在克隆传播的耐药机制。新疆动物源沙门氏菌对被检的抗菌药物呈现出不同程度的耐药,耐药程度依次为猪源菌>羊源菌>牛源菌,且不同动物源的多耐谱型各不相同,不同动物源菌存在β-内酰胺酶和PMQR因子共存情况,提示多耐的现象比较复杂多样,细菌同时存在多种耐药基因使其成为超级耐药菌的风险增加。MLST结果提示猪源和羊源耐药沙门氏菌中存在克隆传播的耐药机制,近期耐药菌株数量可能大幅度上升。