肾细胞癌(RCC)约占所有新增癌症病例的3%，过去的30多年来，其各阶段的发病率一直呈稳步上升态势[1-3]。大约80%的原发性肾癌是肾透明细胞癌(ccRCC)，这其中，至少有三分之一的病人初次就诊时已经出现肿瘤转移，超过40%的患者最终将死于肾透明细胞癌[4-5]。虽然新的治疗方案不断出现，但手术切除仍是肾透明细胞癌的唯一有确切疗效的治疗手段[6]。不幸的是，在接受肾局部切除术的肾透明细胞癌患者中50%的患者将发生局部复发或远处转移[7-8]。这些数据使得我们认识到肾透明细胞癌早期阶段及寻找肿瘤标志物的重要性。由于肾癌包含了各种细胞遗传学和分子异常的上皮细胞肿瘤及不同的组织学特征，同时，染色体畸变效果的积累在肾癌及其他肿瘤的发生及发展过程中起着至关作用。所以对肿瘤细胞基因异常的研究可以获得肿瘤发生及发展方面的信息。3号染色体短臂的缺失是肾透明细胞癌肿瘤中最常见的染色体畸变[9-10]。VHL基因是位于3p25.3区域的一个抑癌基因，该基因的突变常常导致肾透明细胞癌的发生[11]。肾透明细胞癌肿瘤的全基因组改变不仅提供了肿瘤的发生机制，并能给我们提供潜在的肿瘤复发和转移的靶点。传统的细胞遗传学及比较基因组杂交技术已经发现了一些与肾透明细胞癌肿瘤发展相关的染色体畸变[12-19]。高分辨率的比较基因组杂交基因芯片是一个同时检测基因拷贝数变化及杂合性缺失的技术[20]。高分辨率的基因芯片给我们提供了鉴定断裂点及确定与肿瘤发生及发展相关区域及基因的手段。在我们的研究中，我们获得了肾透明细胞癌肿瘤的全基因组的杂合性缺失及扩增图谱。我们使用该基因芯片研究染色体畸变与肿瘤分级与分期的关系。认识基因遗传变异有助于我们了解肿瘤的发病机理及对肿瘤的早期诊断，预后和治疗具有重要的意义。我们应用Nimblegen公司的720k高分辨率基因芯片对50例肾透明细胞癌患者的染色体畸变进行研究，对杂合性缺失和扩增与临床病理及端粒长度的关系进行分析。目的：探讨肾透明细胞癌肿瘤的基因水平异常，获得各染色体异常数据，进而对与肿瘤发生及发展相关的基因进行筛选，为研究肾透明细胞癌的肿瘤发生及发展提供相关候选基因。方法：我们使用Nimblegen公司提供的基因芯片对50例肾透明细胞癌肿瘤进行比较基因组杂交,使用SignalMap version1.9对数据进行分析。Nimblegen公司720k CGH array基因芯片其探针长度为50-75碱基对，分辨率为5kb。结果：所有的病例都有基因组的不平衡移位，包括缺失和重复。最常见的杂合性缺失有3p(45例)，其中包括38例整个3p缺失，7例大片段的杂合性缺失(包括3p21-36区域),1例跳跃杂合性缺失(包括3p12-14、3p21-22、3p24.1-24.2和3p24.1-3p24.3)，其他的常见缺失发生8p12-pter，6q23.1-27，14q24.2-qter，9q32.1-qter，9p21-23，10q22.3-qter，1p36，17p，18q和22q。我们也发现了几个微小的包含抑癌基因的杂合性缺失重叠区。其中一个最小的杂合性缺失区位于8p12，其大小仅为0.29Mb，只包含了一个基因(NRG1)。最常见的染色体重复发生于5号染色体，包括30例全部5号染色体长臂的重复，5例涵盖5q32-ter的大片段重复区及1例点扩增区5q35.3，大小为0.42Mb。其他常见的染色体扩增区有1q25.1-qter,7q21.13-qter,8q24.12-qter和7号染色体短臂。9p，9q，14q及18q区域的杂合性缺失与肿瘤的高级分级密切相关。14q，18p，及21q的杂合性缺失与肿瘤的分期密切相关。我们还发现伴有2q，6p，6q，9p，9q及17p杂合性缺失的病例有着更短的端粒长度。值得注意的是I级肿瘤病例未见1号染色体异常，但II、III级肿瘤中出现1号染色体的缺失或重复（17/39）。结论：1、比较基因组杂交技术可以得到全基因组非平衡移位的染色体畸形，是一种全面的，快速和可靠的肾透明细胞癌的全基因组分析技术。它可以精确定位丢失或者重复序列的大小和区域。2、在肾透明细胞癌肿瘤中3号染色体长臂的缺失及5号染色体短臂的重复是最常见的染色体畸形。3、在肾透明细胞癌肿瘤中位于9p、9q、14q、18q和20p的杂合性缺失与肿瘤细胞高分级有密切相关。位于13q，14q，18p和21q的杂合性缺失与肿瘤的分期有密切关系4、对肾透明细胞癌肿瘤大量样本病例使用高分辨率基因芯片技术进行研究有望筛选与肾透明细胞癌发生相关的基因。比较基因组杂交技术可以得到全基因组非平衡移位的染色体畸形，是一种全面的，快速和可靠的肾透明细胞癌的全基因组分析技术。它可以精确定位重复序列的大小和区域。