随着中国改革开放力度的加大,在华境外非政府组织数量持续增多,涉及领域越来越广泛,影响力不断增强,在我国经济社会发展中发挥积极作用的同时,也对维护国家安全带来了新挑战。总体国家安全观的提出为境外非政府组织管理提供了重要的理论指导,而《境外非政府组织境内活动管理法》的实施则提供了必要的法治支撑,有必要对相关理论和实践加以深入研究,以推动进一步加强对境外非政府组织的管理,最大限度地减少其活动对国家安全带来的潜在威胁和现实危害,促进其依法有序健康发展。本文通过对总体国家安全观基本内涵和理论特色的研究,阐述了基于该理论加强境外非政府组织管理的必要性,梳理了在华境外非政府组织的主要类型及活动特点和趋势,系统分析了其活动对国家政治安全、经济安全、文化安全、社会安全所产生的负面影响。同时,对我国现行境外非政府组织管理模式、体制机制进行研究分析,肯定了制度设计的合理性,客观查找了当前管理中存在准入标准不一、监管存在漏洞、管理服务不优、宣传引导不够等问题,并从思想认识层面、法律配套衔接、管理服务机制、日常监管能力等分析了问题产生的原因。针对存在的问题及原因,从健全管理体制机制、完善法治方式手段、构建源头治理体系三个方面,重点就加强宏观政策引导、健全部门责任体系、建立社会监督机制;加快法规配套衔接、加大日常监管力度、加强违法活动惩处;坚持疏堵结合、探索监管标准化、发展本土非政府组织,提出了对策建议。