目前,中国经济社会正处在深层次的转型过程中,事业单位的改革、政府功能的收缩、社会捐赠意识的增强为非营利组织的发展提供了前所未有的大好机遇。在这样的前提下,本文在梳理现有文献研究成果的基础上,从制约非营利组织发展的“短板”—治理机制视角切入,以公共管理理论为主,运用多学科理论研究相结合、比较研究、制度研究和案例研究等方法,分析了研究非营利组织治理机制的一般框架,对非营利组织的内、外部治理机制作了深入的探讨,指出非营利组织治理的核心是要解决非营利组织在所有权、控制权和受益权分离的情况下所产生的种种问题。“三权分离”(所有权、控制权、受益权)的产权结构增加了非营利组织内部治理的难度,内部治理参与主体间复杂的委托—代理关系使内部人控制问题较之营利性公司更为严重,在优化组织结构中,改善内部人的激励和约束,并且促进组织内部的权力制衡,实现内部治理各参与主体的和谐。外部治理方面,非营利组织与政府的关系不是对立和排斥的,而是互动的,应通过政府一系列的监督管理措施来规范非营利组织发展的路径。只有建立起良好的法规政策环境、组织内部自律及行业自律机制,完善的信息披露和独立第三方评估机制,充分发挥社会舆论监督作用,才能够形成非营利组织自我约束和控制的保障体制。在全面系统地研究非营利组织治理机制的构建之后,结合实际情况考察中国非营利组织治理现状,发现我国非营利组织存在理事会虚设、监事会空缺、政府规制不当、激励约束机制缺乏等治理失灵问题。在对国外经验借鉴和案例研究的基础上,提出中国非营利组织治理机制的完善路径:重塑非营利组织与政府的关系,健全以理事会为核心的内部责、权、利的平衡机制,加强非营利组织的内外部监督和完善非营利组织的治理环境。