原始创新是企业获得自主知识产权及核心技术的重要途径之一，是提升国家综合国力的核心环节，是促进社会经济发展的有利保障。企业原始创新能力的提升，有利于企业参与国家化竞争，是我国建设以企业为核心的自主创新国家的关键。但是目前，我国企业自身的资源和能力还很难满足原始创新的要求，越来越多的企业开始考虑通过产学研合作来获取创新资源、增强创新能力、降低创新成本和创新风险，产学研合作是企业开展原始创新的有效形式。创新机制研究的是创新系统各个主体、要素在企业创新过程中的相互作用及其作用方式，是企业产学研合作原始创新研究中的重要问题之一。国内外学者开始关注原始创新机制的研究，并发表了一些重要成果，但是现有研究仅仅涉及原始创新的某一方面或某一特性的机制，对企业产学研合作原始创新机制的系统、完整研究还比较少。本论文从创新过程的视角展开对企业产学研合作原始创新机制的系统、深入研究，将其分为输入机制、处理机制、输出和反馈机制及系统升级机制四大子机制，并深入分析各个子机制的关键要素，提出了企业产学研合作原始创新机制实现的相关措施。首先，企业产学研合作原始创新机制的理论框架。在对企业产学研合作原始创新基础理论进行分析的基础上，基于系统理论，构建了企业产学研合作原始创新的过程模型，根据过程安排机制，构架了企业产学研合作原始创新的机制模型，提出了全文研究的理论框架。然后，企业产学研合作原始创新的选择。输入机制即企业产学研合作原始创新选择，具体体现为合作伙伴选择及合作模式选择两个关键要素及其相互联系。一方面，运用结构方程全模型以及多群组结构方程模型对企业原始创新中学研合作伙伴选择的影响因素及其作用机理进行实证分析。另一方面，运用单总体演化博弈模型分析了企业对共建经济实体模式和技术并购模式两种原始创新产学研合作模式的选择问题。其次，企业产学研合作原始创新的运行。处理机制即企业产学研合作原始创新运行，包含知识生产、风险管理、收益分配三个关键要素及其相互联系。第一，在运用结构方程模型进行实证分析的基础上，构建企业产学研合作原始创新中的知识生产机制；第二，基于可靠指标矢量及概率网格估算法改进FMEA方法，提出了一种风险评估方法；第三，提出了一种改进的Shapley值法收益分配方案。再次，企业产学研合作原始创新的绩效评价。输出和反馈机制是通过原始创新绩效的评价来实现的，构建评价指标体系及评价模型是关键。运用平衡计分卡方法建立评价指标体系，在此基础上，基于层析分析法构建了评价模型。再次，企业产学研合作原始创新系统演化。系统升级即企业产学研合作原始创新系统演化，具有自组织演化规律特征，序参量主宰着系统的演化。基于自组织理论，分析企业产学研合作原始创新系统的演化机制。进一步，运用哈肯模型序参量的识别方法，对系统演化机制进行实证分析。最后，企业产学研合作原始创新机制的实现。在对系统机制中的各个子机制及其关键要素进行了深入分析的基础上，从输入机制、处理机制、输出和反馈机制以及系统升级机制四大子机制入手，分别提出了企业原始创新中学研合作伙伴选择、合作模式选择、知识生产、风险管理、收益分配、绩效评价和系统演化实现的措施。通过本文的分析和研究，明确了企业产学研合作原始创新及其机制的基本概念，构建了企业产学研合作原始创新的过程模型，根据过程安排机制，构建了创新机制模型，并进一步分析了各个子机制中的关键要素，提出了企业产学研合作原始创新机制实现的措施，为促进企业开展产学研合作原始创新，保障产学研合作原始创新过程的顺利开展，企业、高校和科研机构以及政府制定相关政策及作出决策提供了依据。