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本文主要从以下几方面进行论述:
第一部分:河南郑州地区奶牛肠道寄生虫感染情况调查和安氏隐孢子虫多位点基因分型鉴定
为了解郑州地区奶牛场的肠道寄生虫感染情况以及安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)亚型的分布情况，首先对郑州地区的3个奶牛场新鲜粪便样品进行显微镜检测，检测结果显示:寄生虫感染情况较为普遍，而且总感染率高达42.86％(417/973)，本研究共检测出7种肠道寄生虫，优势虫种为阿米巴原虫和球虫，其感染率分别高达29.50％(287/973)和19.63％(191/973)，此外，混合感染现象较为严重，总感染率为11.20％(109/973)。
然后对奶牛场显微镜检测形态疑似C.andersoni的8份样品分别基于隐孢子虫SSU rRNA基因、Actin基因和COWP基因对其进行虫种鉴定，最后对8份样品分别基于CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3和CM-MS16位点进行MLST亚型分析，结果显示:8份均为Candersoni阳性样品，我们一共检测出4种MLST亚型，且MLST亚型A4、A4、A4、A1是优势亚型，分布于3头奶牛样品中;MLST亚型A6、A4、A2、A1分布于2头奶牛中;MLST亚型A2、A4、A2、A1和A4、A5、A4、A1分别分布于1头奶牛中，而且序列分析结果未出现新的碱基变异。经连锁不平衡分析，本研究样品为克隆性群体遗传结构。
第二部分:河南部分地区动物园动物肠道寄生虫感染情况调查及四种肠道原虫分子流行病学调查
为了解河南地区的动物园肠道寄生虫以及四种肠道原虫的感染情况，首先对河南省部分地区的5个动物园肠道寄生虫进行显微镜检测，结果显示:共检测出6种肠道寄生虫，总感染率为48.03％(61/127)，其中以线虫和球虫为优势虫种，感染率分别为22.05％(28/127)和22.05％(28/127);不同地区比较显示:以商丘动物园肠道寄生虫感染率最高，为62.50％(15/24);不同动物比较显示:以草食动物（如:骆驼、梅花鹿、羊驼、斑马、牦牛等）肠道寄生虫感染率最高，为53.06％(52/98)，此外，混合感染现象较为严重，达23.62％(30/127)。
然后对110份DNA样品（除郑州动物园）基于芽囊原虫（Blastocystis spp.）SSU rRNA基因进行PCR扩增，感染率为16.36％（18/110），测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出一种新亚型（孔雀，n=2）和五种已报道芽囊原虫亚型，包括:ST1（袋鼠，n=2、东非黑白疣猴，n=1、绿猴，n=1）、ST3（赤猴，n=1）、ST5（鸵鸟，n=2）、ST10（梅花鹿，n=7、黄鹿，n=1）、ST14（骆驼，n=1），以ST10为优势亚型。其中ST1、ST3和ST5被认定为存在潜在的人兽共患风险。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）GDH基因进行PCR扩增，感染率为1.82％(2/110)，阳性均发现于骆驼样品中。测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出2种集聚体，包括:集聚体A(1/2)和集聚体E(1/2)。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoo bieneusi）ITS基因进行PCR扩增，感染率为12.73％（14/110），测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出3种新基冈型，包括:CHWD1（黄鹿，n=1）、CHBC1（骆驼，n=3、黄鹿，n=1、梅花鹿，n=2）、CHPM1（赤猴，n=1）和3种已报道基因型，包括:HND-1（梅花鹿，n=3、白鹿，n=1）、CHS9（骆驼，n=1）、CHG21（东非黑白疣猴，n=1）。此外，进化树结果显示:HND-1、CHWD1和CHPM1处于人兽共患1群，而CHS9处于2群，具有一定人兽共患风险。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于隐孢子虫的SSU rRNA基因进行了PCR扩增，感染率为3.64％(4/110)，测序后序列比对和进化分析结果显示:4份样品均为Cmuris阳性。
最后对经隐孢子虫的SSU rRNA基因分子鉴定为阳性的4份DNA样品先后基于隐孢子虫的Actin基因以及COWP基因对其进行虫种鉴定，再对4份样品分别基于CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3和CM-MS16位点进行MLST亚型分析，结果显示:4份样品均为C.muris阳性，且仅发现1种MLST亚型;M13（新亚型）、M4、M1、M5。由于CM-MS1位点差异很大，故根据命名规则，命名为一新亚型:M13;而在CM-MS16位点，序列仅相差一个碱基。
第三部分:安氏隐孢子虫全基因组测序研究
本研究首先对6份隐孢子虫样品进行卵囊纯化，包括5份奶牛源安氏隐孢子虫样品:1066、2006、9038、3056和1067，1份骆驼源鼠隐孢子虫样品。然后基于二代Illumina测序技术对1066、2006、9038和3056进行全基因组重测序，测序深度为100x，对测序数据分析结果显示四个样品测序覆盖均较高，为95.66％-98.71％，基于Linux操作系统使用生物学软件对数据进行质控分析、比对分析。分别得到Clean reads:1066（7751050条）、2006（7593690条）、9038（7979116条）和3056（7424474条）。与参考基因组进行比对分析，比对率(Mapping Rate)以1066样品和2006样品最高，高达:98.56％和97.46％;9038样品较高:81.86％;3056样品失败，可能是由于严重污染或其他原因，比对率仅为:20.25％。通过不同生物学软件进行变异位点检测识别以及生物功能分析，我们找到了大量的变异位点并进行注释。共检测到132个SNP变异（以1066为例），且大部分发生在外显子区域，占突变比例63.64％，包括25个同义突变和59个非同义突变;共发现139个InDel变异（以1066为例），其变异以基因上游或者下游1000bp内、外显子和基因上游1000bp内为主，分别为:43、37和30;共发现5617个SV变异（以1066为例），其中91.19％的SV发生于外显子区域，而在其他区域如:基因上游的1000bp内、基因下游的1000bp内、非编码RNA-的外显子区域、内含子区域等均发现少量SV，此外，仍有一些SV无法进行注释，且几乎所有的SV属于倒位变异，而几乎没有其他变异类型，如:插入、缺失、重复等;共发现77个CNV变异（以1066为例），分布较为单一，仅1个变异发生于基因下游1000bp内，其他76个CNV全是位于外显子区域，通过对CNV变异归类，共2种变异，包括:缺失(36)和重复(41)。本研究不仅能提高我们对奶牛源安氏隐孢子虫基因组遗传信息的认识，也为对不同地域、不同宿主隐孢子虫的群体遗传分析提供理论数据支持。
第一部分:河南郑州地区奶牛肠道寄生虫感染情况调查和安氏隐孢子虫多位点基因分型鉴定
为了解郑州地区奶牛场的肠道寄生虫感染情况以及安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)亚型的分布情况，首先对郑州地区的3个奶牛场新鲜粪便样品进行显微镜检测，检测结果显示:寄生虫感染情况较为普遍，而且总感染率高达42.86％(417/973)，本研究共检测出7种肠道寄生虫，优势虫种为阿米巴原虫和球虫，其感染率分别高达29.50％(287/973)和19.63％(191/973)，此外，混合感染现象较为严重，总感染率为11.20％(109/973)。
然后对奶牛场显微镜检测形态疑似C.andersoni的8份样品分别基于隐孢子虫SSU rRNA基因、Actin基因和COWP基因对其进行虫种鉴定，最后对8份样品分别基于CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3和CM-MS16位点进行MLST亚型分析，结果显示:8份均为Candersoni阳性样品，我们一共检测出4种MLST亚型，且MLST亚型A4、A4、A4、A1是优势亚型，分布于3头奶牛样品中;MLST亚型A6、A4、A2、A1分布于2头奶牛中;MLST亚型A2、A4、A2、A1和A4、A5、A4、A1分别分布于1头奶牛中，而且序列分析结果未出现新的碱基变异。经连锁不平衡分析，本研究样品为克隆性群体遗传结构。
第二部分:河南部分地区动物园动物肠道寄生虫感染情况调查及四种肠道原虫分子流行病学调查
为了解河南地区的动物园肠道寄生虫以及四种肠道原虫的感染情况，首先对河南省部分地区的5个动物园肠道寄生虫进行显微镜检测，结果显示:共检测出6种肠道寄生虫，总感染率为48.03％(61/127)，其中以线虫和球虫为优势虫种，感染率分别为22.05％(28/127)和22.05％(28/127);不同地区比较显示:以商丘动物园肠道寄生虫感染率最高，为62.50％(15/24);不同动物比较显示:以草食动物（如:骆驼、梅花鹿、羊驼、斑马、牦牛等）肠道寄生虫感染率最高，为53.06％(52/98)，此外，混合感染现象较为严重，达23.62％(30/127)。
然后对110份DNA样品（除郑州动物园）基于芽囊原虫（Blastocystis spp.）SSU rRNA基因进行PCR扩增，感染率为16.36％（18/110），测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出一种新亚型（孔雀，n=2）和五种已报道芽囊原虫亚型，包括:ST1（袋鼠，n=2、东非黑白疣猴，n=1、绿猴，n=1）、ST3（赤猴，n=1）、ST5（鸵鸟，n=2）、ST10（梅花鹿，n=7、黄鹿，n=1）、ST14（骆驼，n=1），以ST10为优势亚型。其中ST1、ST3和ST5被认定为存在潜在的人兽共患风险。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）GDH基因进行PCR扩增，感染率为1.82％(2/110)，阳性均发现于骆驼样品中。测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出2种集聚体，包括:集聚体A(1/2)和集聚体E(1/2)。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoo bieneusi）ITS基因进行PCR扩增，感染率为12.73％（14/110），测序后序列比对和进化分析结果显示:共检测出3种新基冈型，包括:CHWD1（黄鹿，n=1）、CHBC1（骆驼，n=3、黄鹿，n=1、梅花鹿，n=2）、CHPM1（赤猴，n=1）和3种已报道基因型，包括:HND-1（梅花鹿，n=3、白鹿，n=1）、CHS9（骆驼，n=1）、CHG21（东非黑白疣猴，n=1）。此外，进化树结果显示:HND-1、CHWD1和CHPM1处于人兽共患1群，而CHS9处于2群，具有一定人兽共患风险。
对110份DNA样品（除郑州动物园）基于隐孢子虫的SSU rRNA基因进行了PCR扩增，感染率为3.64％(4/110)，测序后序列比对和进化分析结果显示:4份样品均为Cmuris阳性。
最后对经隐孢子虫的SSU rRNA基因分子鉴定为阳性的4份DNA样品先后基于隐孢子虫的Actin基因以及COWP基因对其进行虫种鉴定，再对4份样品分别基于CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3和CM-MS16位点进行MLST亚型分析，结果显示:4份样品均为C.muris阳性，且仅发现1种MLST亚型;M13（新亚型）、M4、M1、M5。由于CM-MS1位点差异很大，故根据命名规则，命名为一新亚型:M13;而在CM-MS16位点，序列仅相差一个碱基。
第三部分:安氏隐孢子虫全基因组测序研究
本研究首先对6份隐孢子虫样品进行卵囊纯化，包括5份奶牛源安氏隐孢子虫样品:1066、2006、9038、3056和1067，1份骆驼源鼠隐孢子虫样品。然后基于二代Illumina测序技术对1066、2006、9038和3056进行全基因组重测序，测序深度为100x，对测序数据分析结果显示四个样品测序覆盖均较高，为95.66％-98.71％，基于Linux操作系统使用生物学软件对数据进行质控分析、比对分析。分别得到Clean reads:1066（7751050条）、2006（7593690条）、9038（7979116条）和3056（7424474条）。与参考基因组进行比对分析，比对率(Mapping Rate)以1066样品和2006样品最高，高达:98.56％和97.46％;9038样品较高:81.86％;3056样品失败，可能是由于严重污染或其他原因，比对率仅为:20.25％。通过不同生物学软件进行变异位点检测识别以及生物功能分析，我们找到了大量的变异位点并进行注释。共检测到132个SNP变异（以1066为例），且大部分发生在外显子区域，占突变比例63.64％，包括25个同义突变和59个非同义突变;共发现139个InDel变异（以1066为例），其变异以基因上游或者下游1000bp内、外显子和基因上游1000bp内为主，分别为:43、37和30;共发现5617个SV变异（以1066为例），其中91.19％的SV发生于外显子区域，而在其他区域如:基因上游的1000bp内、基因下游的1000bp内、非编码RNA-的外显子区域、内含子区域等均发现少量SV，此外，仍有一些SV无法进行注释，且几乎所有的SV属于倒位变异，而几乎没有其他变异类型，如:插入、缺失、重复等;共发现77个CNV变异（以1066为例），分布较为单一，仅1个变异发生于基因下游1000bp内，其他76个CNV全是位于外显子区域，通过对CNV变异归类，共2种变异，包括:缺失(36)和重复(41)。本研究不仅能提高我们对奶牛源安氏隐孢子虫基因组遗传信息的认识，也为对不同地域、不同宿主隐孢子虫的群体遗传分析提供理论数据支持。