城乡统筹发展就在于缩小城乡发展差距,既要体现城市作为“发展极”所起的带动与辐射作用,又要发挥农村的基础作用,实现城乡融合,工农协调发展。但改革开放以来,城乡之间差距呈扩大化的趋势,作为农民赖于生存与保障的土地,伴随着城市扩张和工业化发展,其所有权与使用权被迫以较低廉的价格转让,由此而造成农民更加相对贫困。如何有效地保证农民的土地权益就成为城乡统筹发展中急待解决的重大问题。本论文以马克思地租与公平效率理论为指导,结合产权理论与统筹城乡发展理论,在实证分析与规范分析、理论研究与个案分析等方法运用的基础上,探讨了在“二元经济结构”下我国农民的土地权益,包括计划经济时期与改革开放后的农民土地权益,并认为,不同阶段农民土地权益不同,但总体而言,我国正不断通过农地制度调整来更好地维护我国农民的土地权益；接着探讨了城乡统筹发展视角下如何保护农民土地权益的问题,从中不难发现,被征地农民土地权益流失根源就在于制度上二元结构,为此,本论文提出了城乡统筹发展视角下农民土地权益保护的初步设想,包括产权主体与权限范围、产权关系的稳定、权与益之间协调等；并就征地补偿和农地使用权流转方面问题开展研究。由于台湾农地政策在推动城乡共同发展方面颇有成效,为此,本论文还全面探讨了台湾地区如何利用农地制度变革来推进城乡共同发展,旨在寻求可借鉴的经验。在以上分析基础上本论文提出：在农地征收与农地流转方面要从制度上破除“二元结构”带来对农民土地权益的损害,并就此提出相应制度创新及相关政策建议。制度方面：创新以产权为核心的农地征收制度,合理分配农户、集体与政府之间土地权益,赋予农民与集体更多征地收益分配权,打破政府对土地一级市场的垄断；保证农民自愿基础上农地使用权的有偿与充分流转。政策建议主要为：建立保护农民土地权益的动力机制和完善政府职能。在征地中使得农民的土地权益能得以明确、公正体现,并且通过相关激励措施确保农地使用权向有利于现代农业发展方向流转。