第一部分中药色谱指纹图谱技术是中药质量控制现代化的有效解决方案。相似度被认为能够客观、全面的反映指纹图谱间的相似情况,为中药色谱指纹图谱评价提供了有效手段。本文从理论推导、软件实现、实验验证三方面对中药色谱指纹图谱相似度评价的原理和方法进行了研究。本文从保留时间校正方法对线性漂移、非线性漂移和时间延迟的校正效果方面探讨了保留时间校正方法的适用范围,认为一点法校正仅能校正线性漂移,两点法可以校正时间延迟和线性漂移,并能部分校正非线性漂移,多点法使用分段线性逼近的方法对非线性漂移有良好的校正效果。色谱峰匹配是中药指纹图谱相似度软件实现的关键步骤,是得到可靠的相似度计算结果的保证。本部分提出了一种基于色谱峰全排序的色谱峰匹配算法,介绍了算法原理和实现流程。本部分从综合考虑敏感性和稳定性的角度对夹角余弦、相关系数、欧氏距离三种相似度算法进行了比较,并使用推导对夹角余弦峰对峰相似度和点对点相似度进行比较。综合上述比较,认为峰对峰夹角余弦相似度是稳定性和敏感性良好的结合点。在研究基础上,本课题开发了《中药指纹图谱工作站》软件。软件实现了中药指纹图谱相似度计算,并提供了主成分分析、聚类分析、人工神经网络三种模式识别工具。本部分还示例说明了如何以相似度为指标评价中药注射剂色谱指纹图谱。