本研究通过ISSR与ITS分子标记技术对皖北桔梗主产区种质资源遗传多样性进行研究，旨在探索有效地用于鉴别桔梗种质的遗传标记，并分析桔梗种质的遗传多样性现状，建立含有丰富原始材料的种质资源库，并最终用于指导新品种的选育。主要结果如下:　　1、本研究首次应用ISSR与ITS分子标记技术对桔梗种群种植资源遗传多样性进行研究，筛选出10条适合桔梗科的ISSR引物，扩增多态性较高，优化出桔梗科ITS引物;建立了ISSR与ITS最佳反应体系及扩增程序，稳定可靠，实验重现性良好，为后续桔梗及其他作物ISSR、ITS标记提供参考。　　2、通过简单重复序列扩增(ISSR，Inter-simple Sequence Repeat)分子标记方法研究皖北桔梗遗传多样性。10个ISSR引物对105个样本扩增获得97条带，其中74个为多态性带，多态性位点比率为76.29％。遗传多样性指数方面:Shannon多样性指数为0.3581±0.2506，Neis基因多样性为0.2326±0.1777，观测等位基因数为1.7629±0.4275，有效等位基因数为1.3785±0.3349，种群总的遗传多样性为0.2327±0.0318，种群间遗传多样性为0.1967±0.0236，各种群间遗传分化指数为0.1547，种群间每代个体的基因流(Nm)为2.7330，表明桔梗种群具有较高的遗传多样性;利用分子方差变异分析(AMOVA)结果:总的遗传变异中有13.98％的变异发生在种群间，有86.02％的变异发生在种群内，种群间与种群内的变异均显著(P＜0.01)，总的遗传变异主要来自于种群内部，且种群间遗传分化程度中等偏弱;根据Nei遗传距离利用UPGMA法构建的种群遗传关系聚类图说明5个种群间的聚类结果和地理间距正相关;桔梗单样本聚类结果显示，单倍型比率为100％，且各单倍型在关系图中分散混杂，与种群关系之间缺乏对应的遗传结构，且有一些的样本表现出了较高的遗传多样性。　　3、通过内转录间隔区(ITS，Internal Transcribed Spacer)分子标记方法研究皖北桔梗遗传多样性。从76个个体中均获得了535 bp的桔梗ITS序列，总体上GC含量达到62.61％，有明显的G+C偏向性;序列间差异仅为个别碱基，变异类型大部分为颠换，少数为转换，总体的转换与颠换的比为R=0.345，共有9个多态变异位点;总的单倍型多样性为0.44982，核苷酸多样性是0.00113，平均配对差异是0.60249;种群内遗传距离最大的是毫州蕉城区种群，为0.00259，种群间遗传距离最大的是李兴镇种群与蕉城区种群的遗传距离，为0.00184，基于种群间遗传距离得到的聚类分析图显示各种群关系混杂，遗传距离和地理间距不存在显著的相关性;分子方差变异分析结果显示88.14％的差异来自种群内，11.86％的差异来自种群间，核苷酸分化系数Nst=0.10811，基因的分歧系数Gst=0.12240，表明总的遗传变异主要来自种群内部;基因流Nm=1.79，表明种群间存在有效基因交流，FST值为0.11861，且P＜0.01，表明种群间遗传分化程度达到中等偏弱;Tajimas D及Fus Fs检验均得到负值，歧点分布图为一单峰;共定义的6个单倍型间的遗传距离范围为0.00187-0.01130，共享单倍型是Hap_2，占个体总数的71.05％;TCS1.21分析的单倍型网络分布图和贝叶斯树均表明各单倍型间并没有按5个种群进行分布，表明各种群间没有进行分化。　　4、通过2种分子标记的研究，显示皖北桔梗种群遗传多样性较高，有较高多态性;种群结构方面，总的变异主要来自种群内部，种群内的遗传分化大于种群间，种群间有有效的基因交流，表明皖北各种群间无显著分化，分化程度仅中等偏弱;各种群间遗传距离较小，相似性较高，聚类结果显示各种群遗传距离和地理间距相关;在单倍型分析中，显示有遗传多态性较高的样本，可作为遗传育种材料，且各单倍型在关系图中混杂，和种群间缺乏对应，说明各种群间缺乏明显的遗传结构，没有发生显著的种群分化。　　5、本文研究数据表明使用ISSR技术对桔梗种群的遗传多样性的分析比运用ITS片段更具优越性，但ITS可提供若干ISSR不能检测的的数据，所以2种方法相结合，可得到更全面、准确的分析结果。