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日本黑毛和牛与荷斯坦牛同为世界知名牛种，但是在脂肪沉积方面二者却形成了显著差异，这就为牛脂肪沉积相关研究提供了优良的素材。因此，本实验旨在利用RNA-Seq方法对两个品种牛背部皮下脂肪组织miRNA表达情况进行比较研究，以期鉴定出调控牛脂肪沉积的miRNAs，为牛脂肪沉积机理的研究和肉牛种质资源利用提供理论基础。分别采集健康、体况良好、品种内不同个体体重相近的处于屠宰期（约34月龄）5头日本黑毛和牛和5头荷斯坦牛的背部皮下脂肪组织，构建两个品种small RNA的cDNA混合文库W和H，然后对其进行Illumina测序，进而对测序数据进行生物信息学分析。从W和H文库中分别获得10974628(88.32％)和9417372(85.96％)条clean reads，鉴定出bta-miR-30f、bta-miR-196b和bta-miR-2887等14个上调表达miRNA，3个下调表达miRNA bta-miR-320a、bta-miR-874和bta-miR-1247-3p，预测出15个新miRNA。通过对17个已知差异表达miRNA的靶基因进行预测共获得1345个可能靶基因，其中包括APOA1、APOA5、ANGPTL4、PPARα、RXRα和CDK11B等已报道参与脂肪细胞分化和脂代谢调控的基因，这些靶基因富集在脂肪酸代谢和细胞周期调控等生物过程以及甘油磷脂代谢和PPAR等信号通路中。由此推测:bta-miR-30f、bta-miR-196b、bta-miR-320a和bta-miR-874等差异表达miRNA通过对其靶基因的抑制作用，调节了脂肪酸代谢和细胞周期等生物过程，参与了甘油磷脂代谢和PPAR等信号通路的信号转导，进而影响了牛的脂肪沉积。 实验第二部分旨在对鉴定出的在日本黑毛和牛中下调表达且丰度较高的bta-miR-320a进行生物信息学预测和分析，探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。分别利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensemble、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。结果表明，miR-320(a)在各物种间非常保守，bta-miR-320a启动子区域有SP1等多个转录因子结合位点，获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程中，涉及p53、细胞周期和MAPK等信号转导通路。由此我们推测:bta-miR-320a受到SP1等多种转录因子调控，它可能通过对MAPK、细胞周期和p53信号通路中靶基因TP53、MAPK1等的抑制作用调控了牛脂肪细胞分化，进而影响了牛的脂肪沉积。