泛基因组指同一进化分支内所有个体携带的所有基因的集合,通过比较不同个体或群体之间基因组成的差异,对这一进化分支的演化进行研究。随着测序技术的发展和测序价格的下降,越来越多的大基因组生物被测序,作为人类主要口粮之一的水稻就是其中之一。水稻的泛基因组分析为我们理解水稻基因组提供了一个新的维度,其结果在水稻生物学及水稻育种等领域有比较重要的理论意义和实践指导作用。最近,3000株水稻基因组计划(3000 Rice Genomes Project,3K RGP)对3000多个水稻品种进行了全基因组测序,平均测序深度达到14.3x,这为水稻研究提供了一个巨大的数据资源库。但是如何将水稻泛基因组的分析结果以一种直观的方式展示给水稻研究者是一个巨大的挑战。在此,我们设计并构建了水稻泛基因组浏览器(Rice Pan-genome Browser,RPAN)来提供水稻泛基因组分析结果的搜索和可视化展示。水稻泛基因组浏览器包括一个关于水稻品种信息、基因组序列、基因组注释、基因表达谱和基因有无变异信息的数据库。除了参考基因组中的基因,还有超过12000个水稻参考基因组中没有的基因被包含在水稻泛基因组内。水稻泛基因组浏览器提供多种搜索方式和可视化功能,这将成为水稻科学和育种的一个有力工具。水稻泛基因组浏览器可以通过http://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/访问。