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[目的]:
心脏脂肪酸结合蛋白由心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因所编码,主要在畜禽的心肌、骨骼肌和乳腺中表达。心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因是肌内脂肪的候选基因,它能影响肌内脂肪(IMF)的含量,对牛肉的肉质品质具有重要作用。本试验以布莱凯特肉牛为研究对象,对其H-FABP基因进行测序和序列分析,为进一步开展布莱凯特肉牛H-FABP基因与肉质性状的相关分析,进行标记辅助选择及基因定位研究提供理论基础。
[方法]:
根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)的序列设计13对引物,分13段扩增出布莱凯特肉牛H-FABP基因,对各个片段进行克隆测序,使用生物信息学软件对各个片段的测序结果进行拼接,得到布莱凯特肉牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的全序列,同时进行序列分析,并对其基因的分子特性进行预测分析。使用MEGA4.0软件进行系统进化树的构建。
[结果]:
布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因(Genebank登陆号:FJ756345)是由4个外显子(依次为73bp、173bp、102bp和54bp)和3个内含子(3463bp、1892bp和1494bp)组成。其核苷酸编码序列(CDS)为402bp,编码133个氨基酸。布莱凯特肉牛与牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠和鸡9个物种之间的同源性大小依次为99.3%、99.0%、96.3%、92.5%、89.8%、88.3%、83.8%、82.8%、75.6%,其氨基酸的同源性为99.2%、99.2%、96.2%、93.2%、91.7%、88.7%、86.5%、86.5%、77.4%。系统发生树将这些物种总体上分成2支,鸡为独立的一支,布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支。
[结论]:
1.布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因是由4个外显子(依次为73bp、173bp、102bp和54bp)和3个内含子(3463bp、1892bp和1494bp)组成。其核苷酸编码序列(CDS)为402bp,编码133个氨基酸。
2.布莱凯特肉牛与牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因全序列比较发现有41处碱基的变化。并且在内含子部分有碱基的插入和缺失,1415、1628、1808、2441和3436各位点后出现了碱基的插入(插入的碱基分别为T、C、A、A和A),852、2444、7043位点出现了碱基的缺失(缺失的碱基分别为A、G、G)。
3.布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛相比,在氨基酸序列50位处发生了氨基酸的变异,布莱凯特肉牛为异亮氨酸,牦牛和普通牛为缬氨酸,这是由其编码核苷酸序列148处(G→A)产生的,造成了布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛在氨基酸水平上的差异。
4.分析10个物种核苷酸和氨基酸的同源性,分别介于75.6%-99.3%和77.4%-99.2%之间,表明H-FABP基因和氨基酸序列保守性较高。系统发生树将这些物种总体上分成2支,鸡为独立的一支,布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支,符合物种进化规律。