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文蛤(Meretrix meretrix)属软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Lamellibranchia)、异齿亚纲(Heterodonta)、帘蛤目(Veneroida)、帘蛤科(Veneridae)、文蛤属(Meretrix)。文蛤是一种天然资源丰富的滩涂贝类,具有较高的营养和药用价值,是重要的海水增养殖优良品种,也是主要出口的鲜活水产品之一。本研究构建了文蛤外套膜和脾脏组织的cDNA文库、EST测序、序列分析,设计引物扩增线粒体基因组序列,并利用生物信息学方法,对16种双壳贝类的线粒体基因组的结构特征进行了研究。1.运用TRIZOL Reagent提取文蛤外套膜和脾脏组织的总RNA,用SMART cDNALibrary Construction Kit构建cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为1.70×10~6和1.60×10~6,重组率分别为96.5%和95.2%,插入片段平均长度分别为705 bp和750 bp,文库质量符合标准要求。2.随机选取文库的2112个克隆进行5′端测序,获得高质量EST序列2023个(外套膜:1019,肝胰脏:1004),测序成功率95.8%。经质量控制和拼接得到1322个单基因簇(Unigene),其中231个叠联群(Contigs),1147个单一序列(Singletons)。通过Blastx和Blastn搜索比对、查询和注释分析,共得到已知基因480个(外套膜:235个;肝胰脏:245个),占总数36.3%。3.利用Gene Ontology法对所有ESTs进行基因功能分析,建立了文蛤不同组织的基因表达谱,表明参与结合和催化分子功能的基因的表达非常活跃。4.在1322个Unigene发现微卫星序列32条,设计引物22对,这些存在微卫星位点的序列占整个ESTs数据库的2.3%。5.根据文蛤cDNA文库中筛选出的线粒体基因片段设计正反向引物(CO3-F与ND5-R,ND5-F与CO3-R),扩增了10 kb和7 kb左右的大片段产物,2个片段可覆盖线粒体全基因组。6.对已登录到GenBank中的16种双壳贝类的线粒体基因组的结构特征分析发现,双壳贝类线粒体的基因组结构、基因排列顺序没有明显的规律。用基因组全序列聚类时,16种贝类的聚类结果与传统的形态学分类情况基本相同;而蛋白质编码序列聚类时,所得的系统分类情况与这些贝类传统的形态学分类相差较大。