全基因组测序及关联分析发现Cbl-b基因rs61758360位点多态性降低慢性阻塞性肺疾病发病风险

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慢性阻塞性肺疾病(Chronic Obstructive Pulmonary Disease,COPD)是一种常见的慢性呼吸系统疾病,患病率高,危害性大。由于目前对于COPD的发病因素和发病机制认识不足,疾病的防治水平十分有限。大量研究显示COPD是多基因遗传病,COPD的发病与环境危险因素的暴露和个体遗传易感性有关。在吸烟人群中,13.2%的人患有COPD,而非吸烟者仅占5.1%。然而事实上,只有20%的重度吸烟者最终发展成COPD,提示个体易感因素在COPD的发展中起着重要的作用。COPD的遗传易感性具有种族异质性,例如,已知α-抗胰蛋白酶基因(AAT)基因突变与西方人群COPD发病关系密切,而这种突变现象在中国很少见。目前,对于中国COPD患者的遗传基础的认识还十分有限,随着高通量DNA测序技术的进步,使得通过大规模基因组学研究发现疾病易感基因成为可能。  目的:  本研究通过对COPD家系患者进行全基因组测序筛查COPD遗传易感基因及多态性;进一步通过基因分型研究对这些位点进行大规模人群验证、分析基因多态性与COPD发病风险的关联性;通过生物学功能研究明确基因是怎样影响COPD以及突变是怎样影响基因功能的分子机制,为COPD的个体化诊治和预防提供科学依据。  方法:  1、全基因组测序研究:选择COPD家系患者进行全基因组测序,通过samtools等软件对测序数据进行SNP、Indel、CNV以及SV检测和注释,再经过1000G、ExAC和ESP数据库进行最小等位基因频率过滤,选择两个或两个以上家系间共有的位于外显子、剪接位点的错义突变位点进行后续的大样本验证。  2、基因分型研究:来院或者社区人群根据肺功能以及纳入和排除标准收集COPD组和非COPD组,采集临床信息。将入组对象的DNA进行基因分型,利用大样本病例-对照研究进行关联分析(包括遗传模型分析、风险等位基因相对危险度、哈迪温伯格平衡检测、不同临床表型的分层分析等)验证第一部分所得到的SNP位点。  3、位点多态性的功能研究:分别应用荧光定量PCR方法和免疫印迹检测mRNA水平和蛋白质水平;应用ELISA方法用于检测炎症因子(IL6、IL8)以及氧化应激产物MDA的含量;小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA)用于沉默Cbl-b蛋白表达,慢病毒基因表达载体用于过表达Cbl-b蛋白。  结果:  1、共收集5个COPD家系共11个患者,患者DNA的平均测序深度为30×以上,碱基平均错误率为0.04%(低于1%),Q30值均大于80%。总Reads比对率均达到99%以上,覆盖度均超过99%的总基因组长度。经过高级分析,最终得到18个SNP候选位点。  2、共收集验证对象COPD组656人,非COPD组933人,两组在性别、年龄上分布无明显差异,而吸烟指数、肺功能、体重指数有显著差异;通过遗传模型以及吸烟分层分析后,发现4个位点与COPD发病风险相关,其中rs74794265(SREK1)、rs61758360(Cbl-b)为保护因素、rs117450252(OR6Q1)、rs118052160(OR5B2)为危险因素。  3、在A549、16HBE、Beas-2B细胞中,SREK1、Cbl-b表达而OR6Q1、OR5B2不表达;体内和体外实验发现:香烟能够上调Cbl-b蛋白水平而对SREK蛋白无影响;沉默16HBE细胞的Cbl-b后,CSE诱导的IL6、IL8炎症因子以及p38磷酸化水平上升,而加入p38磷酸化抑制剂能够抑制CSE诱导的IL6、IL8炎症因子以及Cbl-b的上调;沉默16HBE细胞Cbl-b能够阻断CSE诱导的TIMP1下调以及CSE诱导的MMP9上调;过表达野生型Cbl-b能够下调TIMP1表达、上调MMP9表达,与野生型Cbl-b组相比,点突变Cbl-b(1396A>G)组TIMP1表达上调以及MMP9表达下调。  结论:  1、通过COPD家系的全基因组测序找出可能与COPD相关的各类遗传变异,包括单核苷酸变异、插入/缺失以及结构变异。  2、通过COPD家系以及大样本病例-对照验证,最终找到4个与COPD相关的SNP位点,分别位于四个不同的基因,其中rs74794265(SREK1)、rs61758360(Cbl-b)是保护因素,rs117450252(OR6Q1)、rs118052160(OR5B2)是危险因素。  3、Cbl-b通过p38磷酸化调控IL6、IL8水平变化;Cbl-b能上调MMP9、下调TIMP1;rs61758360(NM_170662:exon10:c.A1396G:p.N466D)位点是一个功能性位点,由A突变成G后导致Cbl-b功能缺失,可能通过调节MMP9、TIMP1从而降低COPD发病风险。
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