高技术产业作为我国经济发展的重要支柱产业，已经逐渐成为体现我国经济竞争能力和科技水平高低的重要标杆。随着我国对高技术产业技术创新的投入的日益增多，使得技术创新成为决定我国高技术产业长期持续发展，影响区域经济增长和区域竞争力的关键因素。鉴于技术创新对高技术产业的重要性，因此技术创新效率成为决定高技术产业发展的关键，所以对如何合理利用技术创新资源来提高高技术产业技术术创新效率成为我国高技术产业发展亟待解决的问题，这也就成为了本文研究的重点。通过运用S-SBM超效率模型从静态角度对我国高技术产业技术创新效率进行实证研究表明：2001-2010年我国三大区域高技术产业技术创新效率差异化明显，全国均值为0.80，东、中、西部均值分别为0.97、0.61和0.82。各地区都存在不同程度的投入冗余和产出不足现象，其中总技术经费改进比例最多为46.29%，新产品产值改进比例较小为10.39%。之后运用Malmquist生产率指数对我国高技术产业技术创新效率进行动态研究表明：从全国来看，TFP主要还是东高中西低,技术进步对TFP的贡献最大为7.6%，而技术创新效率只有1.6%，阻碍了TFP进一步的增长。最后对我国高技术产业收敛性分析后发现，东部地区敛散性不明显，中部地区呈发散趋势，西部地区出现收敛现象，说明我国高技术产业技术创新效率没有实现地区内部差异缩小，协调地区发展仍然任重而道远。对此我国高技术产业应加快技术创新转型增长，优化资源配置。注重对高技术产业兼顾“软硬件”的提升，一方面是完善基础设施，争取达到国际领先水平，另一方面是提高管理创新制度，建立健全人才投入运用机制，建立合理的引进消化吸收再创新机制，通过“产学研”模式加快高技术创新转化率及商品化进程。对于地区收敛性来说要充分利用东部经济对中西部实施技术渗透和技术扩散，而中西部地区应该坚持“引进来，走出去”的战略，利用内外优势提高本地区高技术产业技术创新效率。