基于表达数据的家蚕启动子鉴定分析

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启动予是基因转录调控的重要元件,决定了mRNA的时空转录,从而实现生物的有序分化发育过程。研究启动子的结构和功能,对于基因表达模式、基因调控网络等方面十分重要。由于启动子的重要生物学作用,如何从基因中快速准确地识别出启动子,发现其中包含的信息,已成为功能基因组时代重要课题之一。本研究基于家蚕基因组精细图序列数据、家蚕全长cDNA序列数据以及家蚕5龄3天的基因表达数据,在基因组水平上鉴定了部分基因的启动子序列,预测并分析了精巢特异性基因的启动子上的共有基序(motif)。获得的主要研究结果如下:   1.鉴定了1341个启动子序列   采用BLAST方法比对全长cDNA序列和基因组预测基因,分析发现3137个注释基因具有对应全长cDNA。应用BLA工程序将这些对应全长cDNA比对基因组精细图序列,获得了1492个基因的候选启动子序列,743个位于正链,749个位于负链。转录起始位点(TSS)分析显示,TSS位点位于起始密码子上游30000bp以内的启动子共有1341个,这些启动子被用来分析启动子的结构特征。   2.分析了启动子的结构特征   参考Takai的经典标准,我们在113个启动子中发现了cpG岛。在P
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