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第一部分FOXP3基因rs2294021C/T多态位点杂合基因型能通过X染色体失活偏移机制显著提高乳腺癌患病风险研究已经表明FOXP3分子不仅是发挥免疫抑制作用的调节性T细胞的表面标志，而且也是一个X染色体连锁的乳腺癌抑制基因，可见FOXP3在调节性T细胞（Tregs）中和乳腺组织中的表达发挥着相反的作用。我们得研究旨在找出FOXP3基因中与乳腺癌患病风险相关的多态位点以及相关的位点是如何影响的。为此，我们进行了一个东部，南部，北部三个中心的病例对照研究。多态位点分型结果表明，FOXP3rs2294021CT杂合子基因型携带者的患病风险是纯合子基因型的1.5倍。进而我们对rs2294021这个位点进行了一系列的生化实验，我们发现rs2294021C等位基因能显著增强FOXP3启动子的转录活性进而提高FOXP3mRNA及蛋白的表达水平。此外，通过流式分析我们还发现rs2294021C等位基因携带者体内的调节性T细胞的表达水平显著高于T等位基因携带者，而C等位基因携带者体内的抗肿瘤性T细胞增殖水平显著低于T等位基因携带者。在X染色体失活偏移（SXCI）实验中我们发现，rs2294021的杂合子基因型与SXCI之间存在着一种相加交互作用，能显著提高乳腺癌患病风险，这种现象在年龄小于48岁的患者中尤为明显。从这些研究结果中，我们可以知道rs2294021CT基因型携带者之所以更容易罹患乳腺癌是因为高频发生的X染色体失活偏移打破了本存在于FOXP3介导的免疫耐受和肿瘤抑制之间的平衡。第二部分EpCAM基因的Thr115Met多态与乳腺癌遗传易感性关联研究上皮细胞粘附分子（EpCAM）作为肿瘤相关抗原及乳腺癌干细胞的表面标记在细胞粘附，形态发生，转移以及癌症发生中发挥着重要的作用。EpCAM基因的第三外显子区存在一个非同义的单核苷酸多态（rs1126497C/T）能使EpCAM第115位氨基酸从蛋氨酸变为苏氨酸。另一个位于EpCAM3’UTR的多态（rs1421A/G）可以造成has-miR-1183结合位点的丢失，从而可能影响该基因的转录活性。我们采取了一个两中心的独立病例对照分析进行评估EpCAM基因型与乳腺癌患病风险之间的关联。从两个中心共1643例乳腺癌患者及1818例正常对照的分型结果中，我们发现相对于EpCAM rs1126497CC基因型，CT+TT基因型携带者罹患乳腺癌的风险更高（OR=1.40，95%CI=1.16–1.57)。并且这种风险以一种剂量依赖的响应方式随着T等位基因个数增加而升高（Ptrend<0.001）。此外，我们发现rs1126497CT+TT也与乳腺癌早发显著相关（P=0.0023）。然而，rs1421的基因型分布频率在病例组和对照组间并不存在显著差异。这些结果表明，EpCAM的M115T多态可能是乳腺癌发生发展过程起到遗传修饰的作用。