在脊椎动物发育过程中,有许多非编码小RNA表达,它们来源于母体遗传或合子自身的基因组转录。这些小RNA具体的种类、表达水平以及在细胞分化和胚胎发育过程中的生物学功能,还有很多未知领域。我们借助二代测序技术及相关基因组数据分析工具,对模式生物斑马鱼胚胎发育早期的小RNA表达谱进行分析,选取其中3个时间点取样：16细胞(卵裂期)、1000细胞(囊胚期)、5.7小时(原肠胚期)。并对照双亲中精子和卵子的小RNA表达谱。根据小RNA测序数据长度的分布特征将它们分不同类型研究,包括miRNA. piRNA以及其它非编码小RNA。结合其它组学数据,如mRNA-seq数据,发现miRNA占所有表达的小RNA的比例在1000细胞(合子基因组开始转录)时期后显著升高,暗示miRNA参与了中囊胚过渡后母型因子的降解。特别是miR-430家族基因在5.7小时占到全部小RNA的20%左右,它的许多预测靶标基因表达也相应降低。我们还发现piRNA不仅在精子和卵子中高表达,在胚胎发育早期也有很多。同时,piRNA簇上的小RNA少量富集在转座子有义链,更多的富集在转座子反义链上。在CpG岛、基因区以及非编码RNA区域,也有大量piRNA分布。去掉ncRNA和piRNA簇中的读段后剩余的小RNA片段,仍有许多比对到转座子区域,并且偏向于反义链。另外还发现,卵子以及胚胎发育早期一段rRNA来源的小RNA片段特异的高表达,而在精子和5.7小时则比较少；而一些来源于tRNA的小RNA则在精子、卵子和5.7小时比较多。然而,这些小RNA在胚胎发育中的功能仍需要进一步的研究。综上,本研究阐明了斑马鱼早期胚胎发育过程中小RNA的表达特点,并通过整合分析揭示了小RNA的生物学功能,为进一步深入探索小RNA在胚胎发育过程中的生物学功能研究提供基础。