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琼脂糖凝胶电泳是分子生物学试验中常用的DNA分析方法。本文通过琼脂糖凝胶电泳分析和回收啤酒花矮化类病毒(Hop Stunt viroid,HSVd)cDNA体外连接产物中二聚体时,常发现回收的二聚体产物中有单倍体和其他非目标条带存在,这种现象目前尚未报道,为了明确该现象发生的原因,本研究开展了相关实验,结果如下:1.分别通过PCR扩增和体外连接获得HSVd cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物样品,通过琼脂糖凝胶电泳回收其中的二聚体,回收产物再经过聚丙烯酰铵凝胶(Polyacrylamide acrylamide gel,PAGE)电泳,结果显示,除了二聚体外,从两种产物中还回收到了单倍体和其他非目标条带。2.通过体外连接,获得桃潜隐花叶类病毒(Peach latent mosaic viroid,PLMVd)三个分离物和真菌TP-3-1延伸因子的单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物样品,然后通过琼脂糖凝胶电泳回收其二聚体,结果显示,对4个样品回收的二聚体产物中均存在单倍体和其他非目标条带。结果表明这种现象不仅存在HSVd的cDNA中,而且也存在于其他类型的DNA中,是一种普遍现象。3.选取通过PCR获得的HSVd cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物,使用4种不同品牌的琼脂糖凝胶回收试剂盒回收其二聚体,回收产物经PAGE电泳,结果显示回收产物中除二聚体外均有单倍体和非目标条带,表明这种非特异反应与选用的胶回收试剂盒品牌无关。4.将上述的HSVd cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物同时进行低熔点琼脂糖凝胶和PAGE电泳分析,对两种电泳凝胶中的cDNA二聚体条带分别进行回收,PAGE电泳分析,结果显示,通过低熔点胶回收后,电泳显示除了HSVd cDNA二聚体条带外还有单倍体和非目标条带;而通过PAGE回收后,只有一条HSVd cDNA二聚体条带。该结果表明这种非特异反应产生在琼脂糖凝胶回收过程中:当电泳样品中存在非目标DNA片段时候,其经过琼脂糖凝胶回收会出现非特异条带。5.选取上述的多聚体片段混合产物和经过PAGE回收纯化的HSVd cDNA二聚体产物,同时通过琼脂糖凝胶电泳,回收二聚体,产物经PAGE电泳,结果混合产物回收后有非标条带,而纯化二聚体产物回收后条带单一,仅有目标条带,表明通过琼脂糖会回收到非特异条带。6.对以上从混合产物中回收到的HSVd cDNA二聚体片段进行克隆和PCR鉴定,结果显示,回收后的二聚体产物克隆可以检测到多种大小的片段:挑选到的24个克隆中,单倍体大小的克隆有6个,二倍体大小的克隆有9个,接近二聚体大小的克隆有10个,三聚体大小克隆有1个。挑选3个二聚体大小克隆测序,测序结果与质粒模板序列的相似性为99.32%-99.66%。同时,对纯化二聚体产物回收后也进行了克隆和PCR鉴定,结果显示随机挑选的24个克隆有9个阳性克隆,扩增条带均为二聚体大小;挑选3个阳性克隆测序,测序结果与质粒模板序列的相似性为99.31%-99.83%。两种回收产物后代克隆序列差异性不明显。本文明确了类病毒cDNA体外连接产物回收中出现的非特异条带是在琼脂糖凝胶电泳回收过程中产生的,为以后DNA回收克隆实验提供了参考和借鉴。