在当前的规模化养殖猪群中,猪呼吸道疾病综合征(Porcine Respiratory Disease Complex,PRDC),是普遍易发,且可造成经济损失严重的疾病,由细菌、病毒、支原体、寄生虫、不良饲养管理条件及易感猪群等多因素相互作用共同引起。PRDC可感染各种年龄段的猪群,但保育仔猪因断奶应激、母源抗体下降、自身免疫系统未发育成熟等因素是PRDC的主要发病猪群。本实验采用PCR方法对2014年～2018年江西省的994份患有PRDC的发病保育仔猪样品进行PRDC相关病毒检测,并针对其主要病原进行进行遗传进化分析。同时,运用高通量测序技术深入探究PCV2感染对仔猪上、下呼吸道微生物菌群结构的影响。主要研究结果如下:1、在检测的994份发生PRDC的仔猪样品中,圆环病毒2型(PCV2)的阳性率均最高,2014～2018年的检出率在53.4%～72.1%之间,平均阳性率为65.7%;其次为蓝耳病病毒(PRRSV),5年平均阳性率为42.0%(32.9%～56.9%);PRV的平均检出率为7.4%(5.1%～11.7%);猪瘟病毒(CSFV)的平均检出率为8.4%(0.0%～25%);新现的圆环病毒3型(PCV3)5年平均检出率为3.7%(0.0%～13.0%)。该结果说明,PCV2和PRRSV是当前PRDC的主要检出病原,新现的PCV3感染率有呈逐年上升的感染趋势。2、为对江西地区猪群PRDC主要病毒的遗传进化进行分析,本试验扩增了18株PRRSV GP5基因,5株PCV2及7株PCV3的全基因组。基于GP5基因的进化树分析结果表明,18株PRRSV均属于美洲型毒株,其中13株属于基因Ⅰ亚型、4株毒株属于基因Ⅲ亚型、1株属于基因Ⅳ亚型。核苷酸序列同源性比对发现,本试验扩增的江西省的PRRSV GP5基因彼此之间的同源性都在81%以上,而与其他国家或地区的同源性为61.6%～100%;18株PRRSV GP5基因彼此之间氨基酸序列的同源性为81.7%～100%,与其他国家或地区的氨基酸序列同源性最低的为54.3%、最高的为98.0%。本实验获得的5株PCV2毒株基因组全长均为1,767 bp。进化树分析表明,5株PCV2均属于2d亚型毒株。Cap基因同源性分析发现,本实验扩增的PCV2毒株之间核苷酸序列同源性均大于99%,氨基酸序列的同源性为98.6%～100%;与其他参考株的核苷酸同源性为82.1～98.9%,氨基酸同源性为81.2%～99.2%。本试验扩增的7株PCV3基因组全长均为2,000 bp。系统进化树显示,7株江西株分属于两个分支,其中2株属于a1亚型,5株属于b亚型。同源性分析表明,本实验扩增的7株PCV3的Cap基因彼此之间核苷酸序列的同源性均高于98%,氨基酸序列同源为98.3%～100%,与其他国家或地区的PCV3 Cap基因的核苷酸序列同源性97%～100%,氨基酸序列同源性为98%～100%。3、为探索PCV2对保育仔猪上、下呼吸道菌群的影响,本试验借助Illumina Mi Seq测序平台,对20份患PRDC及健康保育仔猪呼吸道拭子及下呼吸道黏液样品进行16S r RNA V3-V4区测序,共获得938,052条有效序列。物种分析表明,在门水平上,无论是健康仔猪还是PCV2感染仔猪,上呼吸道菌群以变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为主,超过85%的细菌属于这4个门。健康猪上下呼吸道菌群在蓝藻门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度上存在显著差异;在下呼吸道菌落组成上,感染仔猪下呼吸道变形菌门(Proteobacteria)的丰度极显著的高于健康仔猪下呼吸道该门菌群丰度,但感染仔猪下呼吸道软壁菌门(Tenericutes)的丰度极显著的低于健康仔猪下呼吸道该门菌群丰度。在种水平上发现副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis)和吲哚放线菌(Actinobacillus indolicus)这两种与呼吸道疾病相关的细菌在PCV2感染仔猪的下呼吸道丰度显著高于其在健康仔猪下呼吸道中的丰度。结果表明,PCV2感染导致仔猪上下呼吸道菌群发生了显著变化,特别是与呼吸道疾病相关的病原菌的丰度也发生了显著变化。