细胞膜(质膜)蛋白质承担运输、通讯、防御等功能，是许多药物的作用靶标。细胞质膜蛋白质组研究正成为蛋白质组学的研究热点，这方面的研究可为药物研发、疾病诊断提供标记蛋白质。膜蛋白，特别是整合膜蛋白具有低丰度、难溶、等电点时易沉淀及难酶解等特点，一直是蛋白质组学研究的难点。本研究在方法学上提供了提高质膜整合膜蛋白鉴定率的新思路，共分为两部分： 第一部分：我们将过甲酸氧化技术(PAOT)与质膜膜上顺序酶解相结合。通过甲硫氨酸和半胱氨酸的氧化改变蛋白质和肽段的疏水性，从而明显增加剪切效率以及对疏水性跨膜区的检测能力。同时，我们以人类CNE1细胞系为材料，比较了PAOT与另外一种优化好的胰蛋白酶/胰凝乳蛋白酶酶解方法，发现PAOT鉴定到的整合膜蛋白是胰蛋白酶/胰凝乳蛋白酶酶解的2倍，并且这些整合膜蛋白的疏水值大部分都为正值。 第二部分：我们发展了一种在去垢剂不存在的条件下消化蛋白质亲水性区域的方法。首先采用高盐、高pH以及尿素顺序洗脱膜片以去除膜片上的非膜分子，将膜片进行热变性后悬于50 mM NH4HCO3溶液中进行胰蛋白酶膜上酶解，得到的不含尿素或其他污染物的肽段通过2DLC-MS/MS进行分析。采用这种方法，我们在大鼠大脑皮层质膜中鉴定到了327个蛋白，其中143个(44％)为整合膜蛋白。我们将此方法与SDC，methanol，urea，Triton X-114，ACN辅助酶解及Tube Gel，SDS-PAGE酶解做了比较，发现在“shot gun”方法中，采用热变性结合NH4HCO3辅助酶解能增加整合膜蛋白的鉴定率。