集装箱运输作为一种现代化的运输方式，具有快速、安全、简便、节约和便于实现“门到门”运输的特点，在我国得到了大力发展。随着现代物流的快速发展，集装箱运输已成为铁路货运发展全方面物流服务的重要途径。但我国铁路集装箱运输与国外相比，存在着很大的差距。例如我国铁路集装箱运输信息化程度低、业务流程不统一重复作业多、流程效率低下；组织结构复杂导致货主办理运输业务手续繁多。这些不足之处大大抑制了铁路货运物流以及铁路集装箱运输自身的发展，使其运量增长缓慢，所占份额逐渐减少。因此，应用先进的物流技术与理念，优化铁路集装箱运输业务流程以及组织结构加快铁路集装箱运输系统发展已经刻不容缓。业务流程再造(BPR)是在信息技术、新管理思想的背景下产生的先进的理论和技术，对于企业业务流程的成本、质量、服务和速度等方面的业绩能够有效的改善。本文通过分析我国集装箱车站各项作业流程存在的问题，建立了集装箱车站主要业务流程的Petri网模型，并针对成都东集装箱车站“门到门”运输的发送、到达流程选用时间指标利用ExSpect仿真工具对其优化前后流程进行对比分析。业务流程再造、信息技术以及组织结构之间是互相影响，相辅相成的。本文通过对我国铁路集装箱运输管理信息系统的分析，提出基于各种信息技术和业务流程再造的集装箱运输管理信息系统。流程的改变和信息技术的使用，必然带来组织结构的变化。本文在分析集装箱成都东站现在组织结构基础上构建面向流程的集装箱站管理机构。