植物微生物组是指存在于植物表面和植物内部的所有微生物群落，既包括有益的微生物，又包括有害或者无害的微生物。其中植物内生微生物组和根际微生物组的研究最多，主要是因为其分布范围广，影响力大，具有诸多的生物学意义。　　本研究采用培养分离的方法从小麦幼苗的根、地上部以及小麦种子中进行内生真菌和内生细菌的分离，获得63株内生真菌以及94株内生细菌。通过平板对峙法筛选对小麦赤霉菌PH-1和小麦全蚀菌XF-2具有拮抗作用的内生菌菌株。将小麦根和地上部分离的57株内生真菌进行促生性菌株的筛选，通过菌丝液处理小麦种子，发现除14个内生真菌菌株外，其他43个真菌菌株均明显降低小麦种子发芽率。处理过的小麦种子播种14天后，发现20个内生真菌菌株对小麦生长具有促进作用。　　运用16SrDNA和ITS高通量测序分别对小麦种子、根、地上部的内生菌以及根际土微生物进行测序，分析各部位微生物的多样性，以及各部位微生物之间的差异和联系。结果显示小麦种子、根、地上部的内生菌以及根际土微生物呈现多样性，不同部位其微生物群落组成不同，且各组分所占比例变化明显。在ITS高通量测序中，根际土的真菌丰富度最大，其次是种子、根、地上部；红菇目是种子、根、地上部的优势目，粪壳菌目是根际土的优势目。在16S高通量测序中，根际土的细菌丰富度最大，其次是根、地上部、种子；叶杆菌科是种子的优势科，丛毛单胞菌科是根的优势科，诺卡氏菌科是地上部的优势科，黄单胞菌科是根际土的优势科。　　本研究通过16SrDNA和ITS高通量测序分析小麦植物微生物组，不仅发现小麦根际土微生物以及小麦植株各部位内生微生物的丰富多样性，而且发现了各部位存着优势物种，以及发现小麦各部位微生物组的结构差异性。对于全面了解小麦幼苗内生菌多样性与菌落结构、后续挖掘利用内生菌资源、研究内生菌与寄主互作关系奠定基础。