嵌合mRNA指由两个或两个以上的独立基因融合形成的新基因,具有重要的生物学功能。本研究建立了一套鉴定嵌合mRNA的技术体系,发现了670个猪的嵌合mRNA,其中约30个为不同染色体间的基因融合事件,约630个为同一染色内的基因融合事件。约620个嵌合]mRNA具有清晰的反式剪接位点,其中约530个嵌合mRNA的剪接位点符合GU-AG剪接法则。本研究提出了“亲本基因通过转录工厂共享机制形成嵌合mRNA"的模型,认为在转录工厂内染色体互作形成的紧密三维构象,可使不同染色体或同一染色体上的亲本基因在空间位置上相互靠近,并共转录融合形成嵌合mRNA。该模型指出了嵌合mRNA形成的场所、条件、部分参与因子,启示了在复杂的细胞环境内亲本基因“相遇”的机制。利用转录组测序数据,检测到了约450个嵌合mRNA。大部分的嵌合mRNA的转录丰度呈现中等变异,性别间转录差异不显著。嵌合mRNA的转录丰度与生殖、肝、肾功能、糖尿病、脂代谢、免疫、细胞增殖、氧化应激、肌肉、金属离子及体重等生物学特征或功能呈相关性。综上所述,本研究率先在猪中鉴定了嵌合mRNA,并探讨了其形成机制及可能参与的生物学功能,可为嵌合mRNA生物学功能研究提供广阔空间。