农业是支撑我国国民经济建设与发展的基础。在农业现代化亟待发展的今天,如何发展现代大农业已经引起了各界尤其是政府的高度重视。根据财政部发布的近年来全国财政收支情况,可以发现国家正在不断加大农业和科研的投入,但是,农业科研投入产出比率不高。如何管理农业科研项目、提升农业科研能力,完善农业科研专项资金的全过程管理,提高农业科研资金使用效率,正逐渐成为热切关注也是亟待解决的重点问题。而水产三新工程专项是以财政补助资金为来源主体的支渔科研专项资金,肩负着促进水产养殖技术与模式创新、促进渔业经济发展的重大任务。在这样的背景下,本文选取了 X渔业中心水产三新工程专项资金的管理情况进行研究。本文在进行了大量文献查阅和经典案例查找分析后,对大农业下的X渔业中心进行了实地调研,了解了（1）水产三新工程专项资金的基本情况;（2）X渔业中心的基本情况及规章制度概况;（3）X渔业中心水产三新工程专项资金的资金申报及下达情况、资金使用情况、资金绩效考核情况等;（4）调研单位相关人员对于优化水产三新工程专项资金的管理模式、提升资金使用效率的建议。经过数据的分析与处理,发现了 X渔业中心在水产三新工程专项资金管理上存在的四个方面的问题,并进行了深入的原因分析:一是资金管理意识不足;二是资金管理制度不完善;三是渔业特色加大资金实际管控难度;四是资金监督考评流于形式。参考国内外文献和经典案例中的经验,针对前文分析的问题及其原因,结合X渔业中心的实际情况,本文对该单位水产三新工程项目资金管理的全过程提出了具体的改进意见及建议:首先,要加强项目实施人员资金管理意识,树立资金支出有风险及使用应节约的思想认知;其次,应当完善水产三新工程专项的资金管理制度,要明确并完善项目的预算编制及调整、协作经费转拨等资金管理流程,明确项目预算科目中的有关概念,使项目资金管理有制可依、有章可循;再次,结合实际情况与项目特点,建议X渔业中心完善渔业科研预算编制,创新对具有“塘口”特色的资金支出的管理,并加强对大额项目资金支出的追踪,全方位优化水产三新工程专项资金的实际管理控制;最后,根据项目的目标以及渔业科研的特色,突出社会效益与经济效益,设置项目绩效指标,完善绩效考核流程,并加强社会监督,建立多层次的监督问责机制。本文意在通过分析X渔业中心水产三新工程专项资金管理中存在的问题并提出相应的对策及建议,希望能够帮助X渔业中心提升水产三新工程专项资金的管理能力,提高财政支农（支渔）科研专项资金使用效率,也为我国其他类似的职能部门及农业科研项目的管理提供参考和借鉴。