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陆地棉（Gossypium hirsutum L.）和海岛棉（Gossypium barbadense L.）是棉花异源四倍体栽培种,陆地棉产量高、环境适应能力强、但纤维品质一般,海岛棉纤维品质优良、但产量低、环境适应能力弱,研究陆地棉与海岛棉培育高产、优质、抗逆、适合机械化生产的品种是育种工作者一直追求的目标,本文研究利用中36和海7124为亲本构建的回交自交系（BILs,Backcross Inbred Lines）为海岛棉性状向陆地棉转移奠定了基础。本文对BIL群体进行SLAF-seq（Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing）测序研究农艺性状有质量性状:花瓣颜色（Y1）、花粉颜色（P1）、花瓣日光红（PS）;数量性状:叶绿素含量、叶片颜色。质量性状为研究棉花遗传变异、新陈代谢和生长发育机制提供了有利工具,数量性状如产量、纤维品质是育种家关注的首要目标。本文利用陆海回交自交系群体对研究的质量性状和数量性状进行初定位,得到主要结果如下:1、根据实验室已有的SLAF-seq测序结果,对BIL群体进行分离群体分组分析（BSA,Bulked Segregant Analysis）,根据Q值筛选错误率小于0.001占90%的标准,父本共得到12,388,465个reads,母本共得到13,880,260个reads,子代得到4,439,674个reads,选取可定位到基因组上的SLAF测序标签对性状进行ΔSNP-index分析,将花瓣颜色（Y1）定位在染色体A13上22.58-29.09Mb、41.24-48.85Mb和53.61-59.13Mb物理区间内;将花粉颜色（P1）定位在染色体A05上39.80-40.64和79.97-91.09物理区间内;将花瓣日光红（PS）定位在染色体D07上5.04-23.69Mb和D12上的43.32-54.54Mb物理区间内。2、用实验室已有简化测序图谱和完备区间作图法（ICIM,Inclusive Composite Interval Mapping）对叶绿素含量和叶色进行数量性状位点（QTL,Quantitative Trait Loci）分析,检测到9个关于叶绿素含量的QTLS,它们分布在6条染色体上,其中q-SPAD-A11-1在开花期和结铃期都能检测到,表型遗传贡献率为5.08%和5.75%;检测到5个关于叶色的QTLS,分布在4条染色体上。叶绿素含量定位到的q-SPAD-10-1与叶色定位到的q-LCG-10-1位于A10上的相同位置,表型遗传贡献率为5.28%和4.71%。对叶绿素含量和叶色进行皮尔逊相关性分析,结果表明叶色深浅与叶绿素含量高低呈极显著正相关。本文用叶色进行QTL定位是首次报道,本研究将有助于叶绿素含量和叶色精细定位及棉花高光效育种的分子标记辅助选择。