海洋是地球生命的起源,地球表面71％的面积被平均深度为3800m的海洋所覆盖,处于其底部的海洋沉积物是地球上最大面积的覆盖层,约为3.5×108km2,占覆盖地球面积的48.6％,在海洋沉积物中生长着大量的微生物,它们在维持海洋生态平衡以及生物地球化学循环中发挥着重要的作用。受海洋复杂多变,高盐、高压、低温、低营养等特殊的生态环境影响,海洋表层沉积物成为地球上最复杂的微生物栖息地,沉积物中的微生物往往具有适应其特殊环境的形态学、生理学上的特异性,同时海洋微生物在物种、基因组成和生态功能上具有多样性,对海洋表层沉积物微生物多样性的研究已成为世界各国的研究热点。　　 本研究通过对南海(B111),孟加拉湾(P10),安达曼海深海(ADM)三个站点的表层沉积物宏基因组进行了提取,随后通过细菌16S rRNA通用引物进行PCR扩增,并构建三个站点沉积物细菌核糖体RNA编码基因序列的克隆文库。随机挑取阳性克隆子测序,其后利用mothur软件分析三个文库细菌多样性,群落结构指数分析以及系统发育分析,揭示底泥中的细菌类型和比较群落结构差别。与此同时通过分析三个站点底泥环境中的的营养元素及重金属含量来初步探讨环境与微生物多样性和群落结构的相互关系。　　 三个站点共测得263个有效序列,可分为151个可操作分类单元(OTU),涵盖了放线菌门(Actinobacteria),变形细菌门(Proteobacteria),浮霉菌门(Planctomycetes),拟杆菌门(Bacteroidetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),硝化螺旋菌门(Nitrospira),绿弯菌门(Chloroflexi),酸杆菌门(Acidobacteria),WS3,BRC1,以及OD1等门类,利用mothur.软件分析三个位点文库丰度Chao1指数和多样性shannon指数,结构分析参数parsimony、libshuff、weighted unifrac,结果表明各文库的多样性和群落结构存在明显差异,三个站点中南海表层沉积物多样性指数最高,安达曼海表层沉积物细菌多样性与南海和孟加拉湾两个深水站位的多样性差异都比较显著,而南海和孟加拉湾两个站位差异相对较小。三个站点中南海重金属含量相对较高,而总有机碳含量则相对较低,多因素分析(MFA)表明三个站点的表层沉积物微生物环境差异显著。南海,印度洋,安达曼三个站点海底表层泥沉积物有着丰富的微生物多样性,蕴藏着丰富的微生物资源,但由于地理环境的差别,各个位点的微生物组成各不相同,群落结构也存在着明显的差异。