流感病毒可以分为甲乙丙三种,其中甲型禽流感病毒(Influenza A Virus)是三种里面最容易发生变异,并且传染性最大的病毒。禽流感是由甲型流感病毒引起的禽类疾病,禽流感病毒可以通过很多途径进行传播,是历史比较久的一种病毒,根据致病性的高低,可以将禽流感病毒分成高、低以及非致病性这三种。根据病毒表面抗原性HA与NA的不同,又进一步分成不同亚型,分别以Hl-H16、N1-N9命名。低致病性可以通过一系列变异成为高致病性,比如H5N2,它可以通过变异成为H5N1,低致病性的H5N2也可以通过一系列的转变成为高致病性的H5N2。禽流感病毒的自然宿主是野生鸟类,特别值得说的是迁徙水禽,它们大多数是通过粪便进行传播。07年,我们在上海东滩展开禽流感调查采样,检测得一株野生绿翅鸭源禽流感病毒,并且是阳性样本,将样本带回P2实验室进行研究分析发现,这是一株H5N2亚型的禽流感病毒(A/Common Teal/Shanghai/1F/2007)。通过设计特异性引物、PCR、克隆、测序之后,我们扩得了本毒株的HA、NA、M、NP、NS基因的序列,我们对HA基因裂解位点附近氨基酸进行研究后发现,它和低致病性的禽流感病毒氨基酸序列分子特征很一样,氨基酸序列是REARGLF。制成基因遗传进化树,通过基因树可以看到,本株H5N2的HA基因与07年韩国的aquatic bird/Korea/w191/2007最相近,他们之间的核苷酸最相似。同样,NA基因与07年韩国的毒株aquatic bird/Korea/w193/2007(H5N2)最相近,他们之间的核苷酸最相似。比对M基因、NP基因、NS基因的进化树可以看到,他们分别与韩国的毒株aquatic bird/Korea/w193/2007、aquatic bird/Korea/w221/2007、aquatic bird/Korea/w132/2006的亲缘关系最接近,他们之间的核苷酸最相相似。根据遗传进化分析可见,此次上海水鸟分离到的H5N2病毒株,与韩国06,07年迁徙水鸟中分离的病毒株基因上来看最接近,而与中国内陆当下流行的家禽源病毒株不接近,证明了此株H5N2毒株可能是由于东亚水鸟由于迁徙的关系传播到上海来的,说明上海地区迁徙水鸟在禽流感感染、传播机制上、病毒遗传进化上来说,都是相对独立的。