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目的:明确艾灸“足三里”穴位局部全基因组DNA甲基化反应特征,为艾灸“足三里”作用原理提供新的实验依据。方法:1.选择C57BL/6J正常小鼠24只,随机分为艾灸组和对照组各12只,给予艾灸“足三里”干预,每日一次,施灸20 min,持续1个月。2.艾灸结束后取“足三里”穴位局部皮肤,提取DNA,建库,上机采用Illumina HiSeq/MiSeq对全基因组DNA甲基化测序;使用Bismark进行甲基化数据参考基因组的比对分析和甲基化位点检测以及使用DSS软件进行DMR分析,根据分析结果得出甲基化反应特征;通过DMR分析以及GO和KEGG富集分析筛选出差异甲基化显著的基因和信号通路。结果:1.艾灸“足三里”穴位局部全基因组DNA甲基化反应特征(1)艾灸主要在CG序列环境引起低甲基化改变,CHH和CHG序列环境无变化;(2)在CG序列环境,基因功能区域差异甲基化主要集中在promoter、utr5、exon区域;基因genebody区域甲基化水平无明显差异,上下游2Kb甲基化水平有差异;DMR锚定区域甲基化分布显示,intron区域低甲基化DMRs基因数目最多,为1077个;TSS区域高甲基化和低甲基化DMRs基因数目分别是4和18个,TES区域高甲基化和低甲基化DMRs基因数目分别是3和12个,TSS和TES区域高甲基化和低甲基化DMRs基因数均最少;2.艾灸“足三里”穴位局部全基因组DNA甲基化差异显著的基因(1)在CG序列环境,DMR相关基因GO富集分析显示低甲基化基因最富集的GO terms有30个,其中分子功能(molecular function)有2个,细胞成分(cellular component)有3个,生物过程(biological process)有25个。在分子功能中,物质结合(binding)和蛋白结合(protein binding)占有的基因数目最多,分别为691和483个;在细胞成分中,细胞内部分(intracellular part)和细胞内(intracellular)占有的基因数目最多,分别为676和700个;在生物过程中,单一生物过程(single-organism process)的基因数目最多,为744个。(2)在CG序列环境,通过DMR分析,我们筛选出低甲基化差异显著基因有7个,分别是NRROS、CD37、CBR2、PARP12、PINK1、Hspa12a和DPP4;3.艾灸“足三里”穴位局部全基因组DNA甲基化差异显著的信号通路在CG序列环境,通过DMR相关基因KEGG富集分析,我们筛选出显著性富集的Pathway分别是Rap1信号通路(Rap1 signaling pathway)、调节肌动蛋白细胞骨架(Regulation of actin cytoskeleton)和细胞粘附连接(Adherens junction),而低甲基化基因中显著性富集的Pathway是磷脂酰肌醇信号系统(Phosphatidylinositol signaling system)。结论:1.艾灸“足三里”穴位局部主要引起低甲基化改变;2.艾灸“足三里”穴位局部基因组不同序列环境,主要以CG序列环境发生低甲基化改变;CG序列环境中不同基因功能区域,差异甲基化主要集中在promoter、utr5、exon区域,而intron区域低甲基化DMRs基因数目最多,说明低甲基化主要发生在intron区域;3.CG序列环境低甲基化基因功能分类以生物过程为主,而低甲基化差异显著基因分别是NRROS、CD37、CBR2、PARP12、PINK1、Hspa12a和DPP4,显著性富集的Pathway是磷脂酰肌醇信号系统。