RNA-seq结合QTL定位鉴别油菜花期候选功能基因

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油菜(Brassica napus)是我国重要的油料作物之一,也是大宗饲用蛋白的潜在来源,对发展国民经济具有十分重要的意义。提高产量和改良品质一直是油菜遗传育种的主要目标。油菜的开花是从营养生长到生殖生长的一个转折点,对油菜花期相关功能基因的研究已有较多报道。本研究采用中国油菜品种“Gaoyou”和德国油菜品种“Sollux”作为亲本,结合RNA-seq技术和QTL定位手段来快速挖掘油菜花期候选功能基因。整合分析油菜花蕾的转录组测序数据,得出两亲本在开花期间的差异表达基因有704个,其中有9个差异表达基因与拟南芥(Arabidopsisthaliana)中调控开花的基因(FLC、FY、LHP、PFT1、SKB1、TFL1、VGT1、VIN)直系同源;鉴别出的FLC同源基因位于已知花期主效QTL区间,图位克隆发现,双亲间FLC的cDNA序列无明显差异,而启动子区域有5个明显的差异。本研究还对油菜花期主效QTL(qFTC6)做了精细定位,将花期QTL区间的物理距离从1.5Mb缩小到342Kb,RNA-seq分析发现花期基因FT的同源基因位于此区间。
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