石斛是兰科石斛属多年生草本植物,是我国非常重要的珍惜濒危植物。石斛分布范围广,品种类型多样,具有很高的观赏、药用和保健价值,能产生巨大的经济、生态和社会效益。近年来,贵州大力发展石斛产业,各地均有所栽培,但品种繁多,种类混杂,往往存在同物异名或同名异物的现象,严重干扰了石斛品种选育和石斛产业的健康发展。为了更准确地了解贵州石斛种质资源的类型、亲缘关系及特征,本研究对同一栽培环境下的38种石斛兰的形态表型、主要化学成分进行分析,采用SRAP、ISSR和SSR标记分析71个石斛种质的遗传多样性,并构建能够区分71个石斛种质的DNA指纹图谱,为贵州栽培石斛品种鉴定、选育及产业健康发展提供理论依据。具体研究结果如下:1、38种石斛兰的表型性状差异较大,整株形态可分为直立、斜立和下垂三种类型,茎型可分为柱型和纺锤形两类,叶形态可分为宽叶形和窄叶型两类。其中,叶宽的变异系数最大,为58.65%;茎节长的变异系数最小,为31.49%。根据可变类平均法对供试材料进行分析,在遗传距离7处可将38种石斛兰划分为四类。2、38种石斛兰中只有金钗石斛和矩唇石斛中检测出石斛碱,其中金钗石斛的石斛碱含量为0.24%,矩唇石斛的石斛碱含量为0.29%。38种石斛均含有多糖,多糖含量在0.06%-1.63%之间,其中,铁皮石斛多糖含量最高,小黄花石斛多糖含量最低。38种石斛样品中总黄酮含量在0.05%-0.89%之间,含量最高的是聚石斛。3、32对SRAP多态性引物在71份石斛材料中共扩增出646个条带,多态性百分率（PBB）为99.64%,观测等位基因数Na、有效等位基因数Ne、shannon指数I和Nei’s基因多样性指数H的平均值分别是1.9734、1.3501、0.2285和0.3596,遗传相似系数（GS）介于0.54-0.97之间,在GS为0.728处可将71份石斛材料分为6大类,其中34个铁皮石斛划分为一类。在GS为0.85处又可将34个铁皮石斛分为4类。主坐标分析与聚类结果基本一致。4、15条ISSR多态性引物在71份石斛材料中共扩增出237个条带,多态性百分率（PBB）为100%,观测等位基因数Na、有效等位基因数Ne、shannon指数I和Nei’s基因多样性指数H的平均值分别是1.9859、1.4708、0.5373和0.5336,遗传相似系数介于0.54-0.92之间,在GS为0.696处可将71份石斛材料分为5大类,其中34个铁皮石斛分为一类。在GS为0.872处又可将34个铁皮石斛分为4类。主坐标分析与聚类结果基本一致。5、22对SSR多态性引物在71份石斛材料中共扩增出438个条带,多态性百分率（PBB）为100%,观测等位基因数Na、有效等位基因数Ne、shannon指数I和Nei’s基因多样性指数H的平均值分别是1.9392、1.4427、0.2705和0.4177,遗传相似系数在0.57-0.96之间,在GS为0.7处可将71份石斛材料分为6大类,其中34个铁皮石斛划分为一类。在GS为0.85处又可将34个铁皮石斛分为4类。主坐标分析与聚类结果基本一致。6、综合SRAP、ISSR和SSR标记的71份石斛材料的遗传相似系数介0.60-0.93之间,在GS为0.7处可将71份石斛材料分为5大类,其中34个铁皮石斛划分为一类。在GS为0.84处又可将34个铁皮石斛划分为3类。主坐标分析与聚类结果基本一致。经Mantel检测,SRAP、ISSR和SSR标记与综合三种标记的匹配性均很好,综合三种标记能更好地揭示71份石斛资源遗传多样性,其中SRAP标记的聚类结果与综合聚类结果更为匹配。7、筛选出能单独区分38种石斛属的SRAP引物8对、ISSR引物4条和SSR引物1对,能单独区分34个铁皮石斛的SRAP引物4对、SSR引物1条,利用这些核心引物分别构建了38种石斛属和34个铁皮石斛的DNA指纹图谱;利用能完全区分34个铁皮石斛的4条ISSR引物组合也构建了34个铁皮石斛的DNA指纹图谱。综上,收集的71份石斛种质具有丰富的遗传多样性,铁皮石斛种内的遗传多样性也较丰富。SRAP、ISSR和SSR三种分子标记在石斛材料中均具有丰富的多态性,均适用于石斛遗传多样性分析。筛选的多态性核心引物能用于石斛属甚至铁皮石斛种类不同品种的鉴定与分类。