现代物流业是一种复合型服务产业，是社会经济的重要组成部分。物流行业的发展已经成为经济的新增长点，增强了城市的综合竞争力。经济的发展离不开物流，物流的发展也影响着经济的波动。大力发展现代物流业能够提高一个城市的经济质量，改善投资环境。泉州作为福建省的三大核心城市之一，外向型经济发展快速，物流行业也应需而蓬勃发展。再加上泉州与台湾的地缘优势和区域经济一体化，众多产品通过泉州抵达台湾进行中转，泉州作为中转枢纽，物流业迎来发展新契机，两岸物流业合作前景广阔。本文从政府管理物流市场的角度出发，以物流理论、现代物流管理理论为理论基础，借鉴了国内外优良的物流管理经验，回顾了泉台物流业合作发展进程，指出了两岸物流合作存在的问题，提出了进一步加深两岸物流合作的相应措施。考虑到我国国内以及福建省目前物流业现状以及泉台物流业合作发展现状，运用比较分析和SWOR分析方法，剖析出两岸物流业者间存在的观念、体制和法律上的差异；指出泉州市物流行业缺乏高级物流管理人才，学科教育资源匮乏；大陆运输市场准入门槛过高等问题，这些都是制约两岸物流业深入合作的重要因素。在此基础上，从当前泉州扶持泉台物流业所出台的政策研究，为突破泉台物流合作机制的障碍，在我国较多依赖政府推进物流发展的国情基础上，提出了政府应从资金扶持、信息技术、物流模式、制度改革、硬件建设、物流管理组织的建立等六个方面制定科学有效的政府扶持政策，引导泉州物流业顺利转型，缩小与台湾物流业的差距，尽快实现两岸物流产业的深度对接，推动泉台物流业进一步深入合作。同时也希望政府和企业能够参考本文的观点，用于提高物流业的管理水平。