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斑背大尾莺(Megalurus pryeri)为仅分布在东亚地区的湿地鸟类,数量十分稀少。本文从斑背大尾莺指名亚种(Megalurus pryeri pryeri)中筛选出5个微卫星位点：Mslp1、Mslp2、Mslp3、Mslp4、Mslp5;从震旦鸦雀(Paradoxornis heudei)中筛选出4个微卫星位点：Parhl5、Parh21、Parh25、Parh30。利用这9个微卫星多态性位点,对分布在我国黑龙江扎龙国家级自然保护区(繁殖种群)、辽宁双台河口国家级自然保护区(繁殖种群)、上海崇明岛国家级自然保护区(繁殖种群)、江西南矶山国家级自然保护区(越冬种群与繁殖种群)的78个样本遗传结构进行研究。1.种群的遗传多样性9个微卫星位点在四个繁殖种群和一个越冬种群中均成功获得目的片段,通过对斑背大尾莺样本研究结果表明：观测到的等位基因数(NA)的平均值为8.44。种群的观测杂合度(Ho)变化范围在0.038(Parh15)-0.818(Mslp2),平均值为0.375；期望杂合度(HE)变化范围在0.073(Parh15)-0.882(Mslp2),平均值为0.532。9个位点的多态信息含量PIC为0.085(Parh15)-0.886(Mslp2),平均多态信息含量为0.517。以上数据表明：斑背大尾莺种群呈现中度多态性。通过Hardy-Weinberg平衡检测发现,在五个群体中,经Bonferroni修正后仍然有四个位点偏离HWE (p<0.0056):Mslp3在ZL种群、STHK种群、NJSB种群、NJSW种群；Mslp5在STHK种群；Parh25在ZL种群、NJSB种群、NJSW种群；Parh30在ZL种群、CMD种群、NJSB种群、NJSW种群中偏离HWE。不平衡的原因可能是近亲交配造成的。2.聚类分析和基因流根据Nei氏遗传距离采用NJ法对斑背大尾莺的五个种群进行聚类分析,CMD种群与STHK种群各独自成为一支,ZL种群先与NJSB种群成为一支之后再与NJSW种群汇合成为一支。该聚类图的聚类结果能够较好的反应出斑背大尾莺种群之间的遗传距离。各个种群之间基因流(NM)数值介于2.9675-50.7704之间,种群之间平均基因流为13.5个,由此可知我国境内斑背大尾莺种群之间平均基因流动程度较强。3.种群遗传分化AMOVA分析表明目前这五个斑背大尾莺种群之间的遗传变异较小(FCT=0.0073),遗传分化并未达到显著水平；组群内各种,群间的分化(Fsc=0.0241)也未达到显著水平；斑背大尾莺种群内个体之间的遗传变异为96.86%,并且差异显著(P<0.05)。目前分布在我国的斑背大尾莺的变异主要发生在种群的个体之间,即该五个种群仍然属于同一个种。