大学内部治理结构的科学化和完善化关系到现代大学的可续发展和学术研究的健康开展。以学术权力和行政权力为主要权力支撑,大学内部治理结构亦应从此二者的运行中寻找合理重构的理论基础和现实依据。在对大学内部学术权力和行政权力进行理论解析,并对我国目前大学内部治理结构进行实例分析的基础上,拷问大学治理结构中现存的问题和矛盾,重新定位学术权力和行政权力,重新解读二者的关系,以此重构大学内部治理的权力结构,彰显现代大学制度保障下的大学自治和学术自由,是需要进行细致探讨的问题。本论文意即在此。通过理论探讨和实证分析探求大学内部治理结构的应有之义和现状问题,并由此出发为大学内部治理结构的重构,也即大学内部权力体系的配置和运行提出既有理论基础、又有现实依据的可行性建议。本文在对大学内部治理结构进行全面剖析的通力同时,重点关注大学内部学术权力与行政权力之间关系。全文共分为五章来进行论述：首先,在第一章中,对大学的来源和发展以及大学治理的源起、大学治理结构的内涵以及大学治理的理论基础进行了层层推进地介绍,以明晰研究对象,确定探讨范围；第二章从大学学术权力与大学行政权力分别入手,从理论上证明二者的合理性和合法性,并由此分析二者在理论上应该形成何种关系,为二者的角色和关系定位奠定基础；第三章则通过对我国大学内部权力配置的发展演变和西方大学内部治理结构模式进行介绍,从横向和纵向两个维度展现我国大学内部治理的历史背景和面临的现实要求。在此前提下,通过对我国多所大学的大学章程、党政机关设置以及学术委员会章程进行细致的实例比较,完成以党委为代表的政治权力、以校长为代表的行政权力、以学术委员会为代表的学术权力和以教职工代表大会为代表的民主权力构成的我国高校治理结构的现状框架,从而明晰其权力构成和运行体系。同时对我国高校当前存在的行政权力泛化、学术权力异化和民主权力虚化等问题进行展现,以在后文的重构设想中为前车之鉴；第四章在前三章分析与论证的基础上,对大学内部学术权力和行政权力的内涵和外延进行明确界定,并对大学内部各种权力体系的定位和相互之间的关系进行探讨,从而达到重构大学内部治理结构的目的。其中,以大学内部学术权力和行政权力之间适度分离与充分协作的关系为重点和最终落脚点,探讨学术决策与行政决策的关系,适当析出二者之间的分工与交集；探讨行政管理与行政服务在学术事务领域的作用,重新思考行政权力在大学内部治理中的全面意义；探讨学术决策与行政执行之间以及行政决策与学术咨询之间的联系,平衡学术权力与行政权力之间的协调与合作。第五章则对全文进行了简单的概括和总结。