目前，找寻和定量不同来源或不同时期的细胞、组织及体液的差异蛋白质正成为蛋白质组学研究的焦点。和mRNA表达分析技术相比，蛋白表达差异分析更为直观准确地提供了正常和疾病细胞中全部蛋白质的变化信息，为发现疾病相关蛋白质标志物从而筛选药物作用的靶标提供了新的途径。因此，定量蛋白质组学在潜在药物靶标的开发上越来越受到国际制药界的垂青。二维凝胶电泳作为传统的蛋白定量方法，由于灵敏度的局限性及无法实现自动化，费时费力而逐渐被稳定同位素标记与液质联用技术相结合的定量方法取代。本研究首先建立并优化了¹⁸O稳定同位素标记定量蛋白质组研究技术，考察了标记肽段定量的动态范围及在复杂贮存条件下的稳定性，为此方法用于复杂体系蛋白质相对定量研究奠定了很好的基础。然后结合高准确度高灵敏度LTQ-FT质谱仪的数据特点，开发¹⁸O标记方法的MSOQ定量软件，实现了高通量，高可信度的数据处理。最后，本研究将¹⁸O稳定同位素标记技术和MSOQ软件应用于人肝脏癌旁和癌组织间隙液差异蛋白质组定量分析，初步确定了91种差异表达的蛋白质（P＜0.05），其中肿瘤蛋白表达上调的有45种，表达下调的有46种。此外，本研究还考察了将¹⁸O稳定同位素标记技术应用于绝对定量蛋白质组研究的可行性，建立了针对SDS-PAGE分离蛋白质的绝对定量策略。