基于生物信息学分析验证THY1基因在胃癌中的多重作用的研究

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背景:根据2018年恶性肿瘤统计结果,全球范围内胃癌(gastric cancer,GC)的发病率在所有恶性肿瘤中排名第五,死亡率排名第三。目前胃癌根治性手术仍是治愈胃癌的主要方法。然而,但大多数手术患者被诊断为晚期,5年生存率很低。尽管已经确定许多癌基因和抑癌基因在胃癌的发展中起重要作用,但是仍然没有针对性的大规模临床应用的药物。因此,探索胃癌发生以及发展的分子机制,同时找到可靠的生物标志物,并将其作为早癌诊断及治疗靶点,对于延长胃癌患者的生存有着巨大的临床价值。THY1(THYmocyte differentiation antigen 1,胸腺细胞分化抗原1)是一种借助甘油二酯锚定于糖基磷脂酰肌醇(GPI)羧基端的细胞表面蛋白,与多种癌症有关。关于THY1在胃癌细胞中的功能和机制的研究还很少,因此阐明THY1在胃癌中的发展和疾病进程中的作用非常重要。目的:采用数据库结合临床资料分析THY1在GC中的表达,评估THY1在胃癌肿瘤中异常上调的临床意义及预后判断价值;临床组织标本验证上述预测结果;通过体外细胞实验探讨THY1对胃癌细胞恶性生物学表型的影响;利用数据网络系统分析THY1可能的参与胃癌细胞发展迁移的相关的蛋白及通路;预测THY1可能相关的免疫相关蛋白的关系网络并行初步验证。方法:第一部分:通过数据库分析THY1在不同肿瘤中的高表达。分析胃癌标本与癌旁边组织中THY1的差异性表达,并分析THY1与胃癌患者临床分期、患者预后的相关性,采用q RT-PCR实验验证THY1在胃癌癌组织和癌旁组织中的表达,并与临床病理及预后资料行关联分析。第二部分:研究THY1在细胞中的定位,应用小干扰RNA沉默THY1后,采用CCK-8、平板克隆、transwell、划痕试验检测THY1对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响。同时观察干扰后对胃癌细胞自噬能力的影响。第三部分:利用数据网络系统分析THY1可能的参与胃癌细胞发展迁移的相关的蛋白及通路以及THY1相关的免疫相关蛋白的关系网络,初步验证THY1与免疫抑制分子的相关性。结果:第一部分:TCGA数据库显示THY1在多种癌症中表达较高,GEPIA数据库及临床病理资料显示THY1在胃癌组织中表达相比于癌旁组织显著增高,其表达与GC患者TNM分期呈正相关,且THY1高表达的GC患者总生存率(OS)、首次进展(FP)和进展后生存率(PPS)较低。q RT-PCR验证证实THY1在胃癌肿瘤组织中表达显著升高,临床病理资料显示其表达与TNM分期正相关,并且与预后负相关。第二部分:人类蛋白质图谱数据库显示,在PC-3和U-251 MG细胞系中,THY1在细胞核和细胞膜中均有分布。运用小分子干扰THY1胃癌细胞株MGC-803,检测干扰效率后对MGC-803细胞进行了平板克隆、transwell、划痕试验,结果表明,THY1基因的敲降抑制了GC细胞的增殖、迁移和侵袭;si-THY1的GC细胞中自噬相关蛋白LC3和P62的表达也发生了变化,si-THY1后胃癌细胞中P62蛋白表达降低,LC3蛋白增高,通过m Cherry-EGFP-LC3B转染构建双荧光,显示si-THY1后癌细胞的自噬小体荧光水平增加。第三部分:STRING的相互作用网络分析显示一些蛋白质包括CD34、ALPL、ITGB3等,它们可能与THY1相互作用。Metascape用于对共表达基因进行富集分析,结果显示THY1主要参与细胞间连接磷酸化过程和p53信号通路的过程;GSEA通路富集分析结果表明:THY1参与多种经典的肿瘤相关信号通路,如EMT信号通路、JAKSTAT3信号通路、KRAS信号通路等。免疫功能预测显示THY1的表达与Tregs细胞的表达呈显著正相关,和免疫标记物包括淋巴细胞活化基因-3(LAG3)、程序性细胞死亡1(PDCD1)、T细胞免疫球蛋白和ITIM结构域蛋白(TIGIT),细胞毒T淋巴细胞抗原4(CTLA4),吲哚胺2,3-双氧酶(IDO1)高度相关。结论:我们的研究结果表明高表达的THY1水平与GC患者预后不良有关。THY1具有作为评价GC患者肿瘤微环境状况的标志分子和免疫治疗的靶点的潜在可能。
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