玫瑰（Rosa rugosa）是沙质海岸和沙丘生态系统灌丛群落的优势植物,也是蔷薇属观赏和精油植物遗传育种的重要种质资源。其栽培品种重瓣红玫瑰是精油、食品、药品、化妆品原料生产和园艺观赏的重要品种。植物开花是植物生长发育的重要阶段,开花相关性状和基因一直是植物进化和育种研究的热点。基于转录组测序,研究同地栽培条件下不同种源玫瑰群体开花相关基因的遗传分化,可以排除原产地环境差异对研究样本基因表达的影响,揭示玫瑰开花相关基因在不同种源玫瑰群体间的遗传分化格局,为探究玫瑰群体开花基因的进化和适应提供证据和思路。本研究以在山东济南和泰安栽培的欧洲野生、中国野生、中国栽培种源三个玫瑰群体组（每个群体组包含3-4个不同产地或品种种源群体）为研究系统,利用第二代转录组测序技术得到不同种源玫瑰群体的基因表达信息,从中筛选出光周期途径、赤霉素途径、自主途径、春化途径等开花调控途径相关候选基因,以及参与开花时间及花器官发育的MADS-box基因家族。通过基因的差异表达分析、相关性分析、基因聚类分析、调控途径富集分析等,探究了不同种源玫瑰群体开花调控相关候选基因的遗传分化格局,以及部分候选基因与种源地温度、降水等主导环境因子的关系,讨论了不同种源玫瑰群体开花相关候选基因可能的生态适应格局及其驱动因素。结果表明:1.欧洲野生玫瑰群体组、中国野生玫瑰群体组以及中国栽培玫瑰群体组的不同玫瑰群体在五条决定开花时间的调控途径中形成了相互关联又有区别的遗传分化格局。纬度是影响开花候选基因适应性遗传分化的主要环境因子。2.在功能注释的候选基因中鉴定出一条类似拟南芥等模式植物中的GI-CO-FT开花调控保守途径。并对该途径中的三个玫瑰候选基因进行了遗传分化分析,鉴定得到与其他植物一致的保守结构域,进化树分析表明玫瑰GI候选基因、CO候选基因和FT候选基因分别与月季GI、CO、FT基因亲缘关系最近。3.鉴定出玫瑰中包含55个MADS-box基因家族成员,其中参与花形态建成的ABCD模型的关键基因如SEP、FUL、APE、AG表现出具有多拷贝的特征,调控开花时间的关键基因如SOC1也表现出多拷贝的特征,相关同源基因数均多于拟南芥。作为表征气候条件的环境因子,纬度可能通过影响光照、温度影响开花相关候选基因的适应性进化,驱动不同群体组间开花基因的变异和分化格局。GI和CO基因在物种间的进化可能相对保守,可用于研究物种间的遗传分化。与拟南芥相比,玫瑰花器官形态的建成以及开花调控途径可能存在更加精细复杂的调控模式。建议进一步进行玫瑰开花相关基因进化机制研究和重要基因功能的验证。