HIV-1 CRF07_BC重组毒株是我国流行的主要HIV毒株之一,主要分布于静脉吸毒人群（intravenous drug users,IDUs）中。CRF07_BC最初在四川和新疆IDUs中发现。了解四川和新疆流行CRF07_BC毒株的个体和群体变异特征并分析其流行情况对于阐明该毒株免疫逃逸和适应性机制、分子进化等具有重要的科学意义和应用价值。本文选择四川和新疆HIV-1感染者,从个体和群体水平分析CRF07_BC毒株的变异特征,探索其遗传动态变化并重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史。本文对四川和新疆22例CRF07_BC感染者进行gag基因和gp120基因单基因组扩增和序列测定,分析个体内序列变异特征;选取2007-2008年从四川和新疆采集195例HIV-1感染者分析群体水平的遗传多样性特征。利用1996-2008年采集样本（四川108份,新疆216份）的env基因序列,进行贝叶斯合并理论方法重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史,并分析其遗传动态变化特征。对感染者体内病毒序列分析表明CRF07_BC感染者血浆内毒株呈现复杂的准种变异。序列中存在不同的点突变和插入/缺失模式、以及个体内毒株间重组等造成氨基酸组成、N糖基化程度（gp120糖蛋白,18-34个N糖基化位点）和功能区长度多态性改变,在进化树上聚集成复杂的群体结构。CRF07_BC毒株的高度变异性主要集中在gp120基因,尤其是4个高变环区（V1、V2、V4和V5）。总体上,V4/V5区平均两两比对基因距离（0.024-0.178）高于V1/V2区（0.012-0.117）,呈现出独立进化特征,但两者的氨基酸长度多态性存在微弱的正相关关系（r=0.359,P＜0.001）。个体内高度变异gp120基因中包含相对保守的功能区（V3区）,表现在长度多态性低、均使用CCR5辅助受体、顶端四肽为GPGQ;这可能是宿主微环境对CRF07_BC的功能性选择和病毒适应性的结果。CRF07_BC gag基因的遗传多样性主要集中在p17区和p2-p6区。43.6%流行毒株p6区存在7个氨基酸残基缺失突变;18%病例的p6区CTL表位存在3-12个氨基酸残基插入,脯氨酸（Pro）和丙氨酸（Ala）所占比例增加。这些插入/缺失突变造成蛋白结构和功能的改变,可能有助于病毒免疫逃逸和适应性增加。系统进化分析结果表明四川和新疆流行CRF07_BC具有较高的遗传同源性,并起源于共同的祖先,总体上两省获得的序列交错分布,没有与地域、民族或样本采集时间相关的聚集倾向,仅在某些氨基酸位点上表现出与地域和民族相关联的氨基酸组成偏性。运用贝叶斯合并理论推断CRF07_BC传入四川和新疆的时间分别是1994.0年（95%置信区间,1991.9-1995.7）和1995.0（95%置信区间,1993.7-1995.8）年。该结果符合CRF07_BC从我国西南（云南）经由四川沿贩毒路线传入新疆的传播路线假说。CRF07_Bc毒株进入四川和新疆后,大致分为三个流行阶段,包括病毒传入期（1994-1996年）、快速传播期（1997-2002年）和高水平流行期（2003-2008年）。在流行早期,CRF07_Bc毒株具有较低的遗传多样性;随着流行时间的延长,群体流行CRF07_BC毒株表现出较高的遗传多样性。现有的数据表明四川和新疆CRF07_BC传播速率降低,有效感染群体接近饱和,流行毒株表现出较高的遗传多样性（gp120基因距离接近0.09）和较快的进化速率(7-8×10^-3替换/位点/年);但CRF07_BC感染仍然维持较高的流行水平,加强HIV/AIDS的防控势在必行。