自然资源统一确权登记是以不动产登记为基础,对水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域、无居民海岛以及探明储量的矿产资源等自然资源和所有自然生态空间的自然状况、权属状况、管制情况等进行全面调查,并由登记机关将相关调查结果和事项在自然资源登记簿标明的过程。该制度构建的目的是明确国土空间上各类自然资源的产权主体及界限范围,为完善自然资源资产产权制度做准备。虽然,自然资源统一确权登记工作在试点中取得了阶段性的成就,但同时因为该制度在我国生态文明建设史中尚属于创新性举措,相对缺乏完备的理论基础和实践经验,所以试点工作中难免遇到一些亟需解决的重难点问题。本文通过分析研读《自然资源统一确权登记暂行办法》等现有规定、部分试点地区发布的工作报告以及相关文献资料等,把与自然资源统一确权登记制度相关的理论制度及相关热点争议问题进行了归纳总结,如自然资源统一确权登记和土地登记的关系如何理解、自然资源统一确权登记、不动产登记、国土调查制度三者的关系如何厘清等。同时,还提出了自然资源统一确权登记制度在实施中遇到的问题。第一,自然资源统一确权登记的客体不明确不统一,这主要是因为现行相关法律法规未对“自然资源”的概念和自然资源分类标准体系进行明确规定;第二,自然资源统一确权登记的登记单元划分方法有待继续完善,特别是需要对以“三个图层”相叠加确定自然资源调查和确权登记范围的方法进行探究和完善;第三,自然资源统一确权登记的登记簿记载的部分内容需要完善,包括对各类自然资源的数量和质量评定标准进行统一明确规定以及在立法上就全民自然资源所有权的权利行使主体、权利行使的具体内容等进行规定,真正实现“自然资源所有者和监管者分开”的改革目标;第四,自然资源统一确权登记与不动产登记、国土调查的关联机制不够完善,如自然资源统一确权登记与已有不动产登记成果、国土调查成果产生权属争议时怎么解决。针对以上问题,本文从完善现行相关立法、统一确权登记相关技术标准、补充完善确权登记内容等方面出发,对我国自然资源统一确权登记制度在构建和实施中面临的相关重难点等问题提出了完善的初步构想。