财务报表审计质量的影响因素很多，来自会计师事务所、被审计单位、社会环境等各个方面。企业内部控制的有效实施，可以减少企业管理层的盈余操纵行为，提高会计信息的质量，为公众提供可信赖的财务报告。在现代风险导向审计模式下，审计师在进行财务报表审计时，内部控制有效性作为重要的企业内部财务信息，会对审计判断、取证等产生重要影响，进而影响审计的质量。本文主要研究内部控制有效性对财务报表审计质量的影响。首先，以内部控制的目标为基础，设计内部控制的评价体系，把内控有效性的综合得分作为评价内控有效性的标准；假设内部控制越有效审计质量越高，采用修正的DD模型，得到可操纵性应计利润，作为审计质量的替代变量。然后，以审计质量为因变量、内部控制有效性为自变量建立多元线性回归模型，事务所规模、公司是否亏损、公司规模、业务复杂程度等作为控制变量。采用沪深两市A股上市公司2011-2013年的数据作为样本研究本文的问题。本文的研究结果表明：内部控制越有效审计质量越高，与本文的假设一致。会计师事务所审计可以充分利用高效的内控信息，提高审计质量。除此之外，本文还得出：事务所规模、公司是否亏损对审计质量有显著的影响，业务复杂程度、经营杠杆、公司治理环境对审计质量的影响不显著。本文最后针对研究结果，从上市公司、外部监管部门及会计师事务所三方面提出了相关的对策建议。上市公司应该完善内部控制自我评价体系，改善公司的治理环境，同时提高对内部控制评价的认识，注重实效，增强内部控制评价工作的科学性，并建立内部控制风险预警体系,进而不断的提高内部控制有效性水平。会计师事务所也要重视企业内部控制在审计中的作用，利用有效的内部控制，提高财务报表审计质量。