科技企业孵化器长期以来面向初创期科技型中小企业提供孵化服务,通过引入不同资源降低在孵企业创业风险,收到良好效果。同时,对服务的精细化要求使得孵化器需要向纵深化方向进一步研究在孵企业项目风险机理及应对管理方法。技术经营是技术与经营相结合的战略理论,将其与科技型中小企业的项目相结合,有助于提升项目的目标性,完善项目的计划,降低项目失败的可能性。本文从项目风险管理的理论和方法入手,通过对比孵化器内科技型中小企业与大中型科技企业技术经营活动的情况,识别当前在孵企业的技术经营项目特征,并以此为依据分析识别出在孵企业技术经营项目的主要风险,结合孵化器实际运行方式以及技术经营的工具归纳出风险应对和监控的方法,再以孵化器的业务升级方向,提出改进后的基于持股孵化的技术经营项目风险管理方法。