2014年1月1日在行政事业单位全面贯彻实施《行政事业单位内部控制规范(试行)》(以下简称《内控规范》),明显打破了我国长久以来事业单位内部控制构建无章可循的局面。然而,随着事业单位分类改革的开展,公益一类作为全额预算管理单位,其内部控制尤其薄弱的现状引起各方关注。本文以此为契机,研究基于预算管理的公益一类事业单位内部控制体系,希望通过预算管理去完善单位的内部控制机制,有效促进内部控制机制的实施。本文首先立足于该政策在事业单位实施两年的基础上,总结事业单位内部控制实施的现状。通过实地调研,以Z科研单位的具体内部控制实施情况为依据,从单位层面和业务层面,将实施过程中的特点和问题进行反馈。其次结合企业内部控制建设的有效经验以及公益一类事业单位的组织特点,利用前期学者的理论研究将内部控制与预算管理结合构建基于预算管理的公益一类事业单位内部控制体系。然后再以预算管理为主线,以资金管控为核心进行事业单位的内部控制流程设计。针对风险点提出相应的风险应对措施,着重对预算管理活动提出内部控制流程优化建议,并设计相应的风险矩阵,实现归口管理。最后分别从宏观和微观两个层面对完善公益一类事业单位内部控制提出具体改进建议。